Labcodes microbiologie

Uit informatiestandaarden
Versie door Pieter-Jan Haas (overleg | bijdragen) op 29 dec 2017 om 11:16
(wijz) ← Oudere versie | Huidige versie (wijz) | Nieuwere versie → (wijz)
Ga naar: navigatie, zoeken

Eenheid van taal microbiologie

In de door Nictiz gepubliceerde white paper 'Hoe plukt u de vruchten van LOINC, SNOMED CT en UCUM? [1]' wordt beschreven waarom en wanneer LOINC, SNOMED-CT en UCUM gebruikt worden in de communicatie van laboratorium orders en resultaten. Naast de keuze voor deze terminologie stelsels heeft de Eenheid van taal groep ook afspraken moeten maken hoe deze codeerstelsels gebruikt dienen te worden om te komen tot zogenaamde codeerconventies. Dit heeft met name te maken met de relatief grote keuzevrijheid die LOINC nog biedt. Bij het maken van die keuze is altijd het uitgangspunt geweest dat met de codeset eenduidig en ondubbelzinnig de in Nederland gebruikte testen kan worden gecodeerd. De combinatie van LOINC en SNOMED-CT wordt voor internationale samenwerking de meest voor de hand liggende keuze geacht op dit moment. De combinatie is nog nergens echt uitgekristalliseerd maar ook internationaal wordt gezocht naar harmonisatie tussen de twee stelsels.

Een labcode bestaat uit uit een LOINC en SNOMED-CT code eventueel gespecificeerd met een methode en een uitslag verzameling. LOINC en SNOMED codes zijn numerieke codes. In laboratorium systemen wordt veelal gebruik gemaakt van lokale codes omdat deze codes vaak direct door gebruiker leesbaar dienen te zijn. Men dient zich te allen tijde te realiseren dat EvT, en daarbij het gebruik van labcodes, gaat over eenduidige communicatie tussen laboratoria onderling of tussen laboratoria en andere zorgverleners. EvT gaat nadrukkelijk niet over inrichting van processen en van systemen binnen de muren van het laboratorium. Er dient daarom een mapping plaast te vinden van lokale codes naar de correcte overeenkomende labcode. Vanzelfsprekend kan een mapping slecht plaats vinden wanneer de informatie daadwerkelijk in het Laboratorium Infromatie Systeem aanwezig is. Om het kiezen van de juiste labcode te ondersteunen heeft de Eenheid van taal werkgroep een set samengesteld met de labcodes van de in Nederland uitgevoerde laboratoriumbepalingen. Deze is beschikbaar via http://labterminologie.nl. Deze codes zijn geselecteerd obv een aantal afspraken (codeerconventies) die gemaakt zijn in overleg met inhoudsdeskundigen.

Om laboratoria te ondersteunen bij hun lokale mapping volgt hier een beschrijving van de codeerconventies. De totale set aan condeerconventies hebben betrekking op zowel de Kinische Chemische als Microbiologische labcodes. In dit document zal de focus liggen op de microbiologie.

Coderen van laboratorium onderzoek

LOINC codes

De LOINC codes worden gedefinieerd over verschillend assen. Een uitgebreide beschrijving van deze assen is te vinden in de 'LOINC user-guide' op http://www.loinc.org . Hier volgt een korte omschrijving van de belangrijkste assen waarbij er expliciet ingegaan wordt op de voor Nederland gemaakt keuzes.

De loinc code

De loinc code is een uniek vaste code die de volledige naam van het laboratorium onderzoek uniek identificeert. De loinc code heeft geen structuur. De loinc code wordt gebruikt in elektronische systemen en berichten.

De volledige naam ("long common name" in het Engels) van een test of observatie bevat vijf of zes elementen; De component of analiet (bv, amoxicilline, hepatitis A antistoffen.IgG), de eigenschap (property) (bv, gevoeligheid, analiet concentratie), Tijdsaspect van de meting (bv, is het een enkele meeting of over een periode), het systeem of monster (bv urine, bloed), de schaal (bv, kwalitatief, kwantitatief, nominaal), methode (indien relevant bv, EIA, immunoblot)

Component(Analiet)

De component beschrijft de daadwerkelijk gemeten grootheid. De component bestaat zelf weer uit verschillende onderdelen die de component verder specificeren (bv, een specifieke subklasse bij antilichamen, na vaccinatie). Een verdere beschrijving van de grammatica en de verschillende onderdelen van de component is terug te vinden in de LOINC gebruikers gids.

Soort Eigenschap (Property)

De eigenschap (property) beschrijft in wat voor een soort hoeveelheid de test gemeten wordt. Wanneer een bepaalde component op verschillende manieren gemeten kan worden dan wordt het onderscheid beschreven door de eigenschap van een LOINC-code. als voorbeeld; De concentratie van een bepaald analiet kan bijvoorbeeld gemeten worden als massa concentratie (ug/mL), stof concentratie (mol/L), of arbitraire concentratie (Units/L). Het onderscheid tussen deze LOINC's met dezelfde component wordt gemaakt met door de 'property' (MCnc, SCnc en ACnc respectievelijk). Veelal wordt de keuze van property lokaal (nationaal) bepaald. bv creatinine concentratie in bloed wordt in Nederland gemeten in umol/L (stof concentratie) terwijl dat in de VS mg/dL (massa concentratie) is. In Nederland en de VS worden dus verschillende LOINC codes gebruikt voor de test om creatinine te meten. De resultaten van de verschillende tests kunnen ook niet zomaar met elkaar vergeleken worden. Belangrijke 'properties' in de microbiologie zijn bv Prid, Susc en PrThr Prid (Presence or identifier) wordt gebruikt voor microbiologische kweken. Hiermee kan de aan-/afwezigheid van een organisme gerapporteerd worden en indien aanwezig ook welk oranisme het is (identifier) Susc (Susceptibility) wordt gebruikt om een gevoeligheid voor antibiotica te meten PrThr (Presence/threshold) wordt gebruikt om de aan- of afwezigheid aan te geven ook als die gebasseerd is op een interne cutt-off. (bv, moleculaire diagnostiek). Een uitgebreide beschrijving van de verschillende 'properties' is terug te vinden in de LOINC gebruikersgids.

Tijd

Het tijdsaspect wordt gebruikt om aan te geven of een meting op een enkel tijdspunt plaastvindt (Pt, point in time) of dat er over een tijdsperiode gemeten wordt. In de microbiologie zal dit nagenoeg altijd een puntmeting zijn.

Systeem

Het systeem is datgene waarop of waarin een observatie gedaan is. Dat kan een materiaal zijn zoals serum bij antistof bepaling maar het kan ook de patient zijn zoals bij een bloeddrukmeting. Loinc definieert vele verschillende soorten systemen. Door die verschilende systemen zou er en wildgroei aan nieuwe loinc codes ontstaan omdat in test die in vele materialen uitgevoerd kan worden voor ieder materiaal een nieuwe loinc-code zou krijgen. Dat is om verschillende redenen onwenselijk. Ten eerste beteken verschillende loinc codes dat de inhoudelijke waarde van de verschillende testen verschilt en dat je de resultaten niet met elkaar mag vergelijken. Het moge duidelijk zijn dat een E. coli geisoleerd uit urine een een E. coli geisoleerd uit een wond niet van elkaar verschillen (let op het gaat hier om het resultaat van de test niet om de klinische interpretatie). Het zou daarom logische zijn dat beide testen de (bloedkweek en urinekweek) dezelfde loinc code zouden krijgen. Een tweede rede is dat met name in de microbiologie dat een bacteriele kweek in bijna een oneindig aantal verschillende materialen uitgevoerd kan worden. Dit zou leiden tot een wildgroei in nieuwe loinc codes wat niet beheerbaar is. Dit probleem speelt minder bij de klinische chemie omdat daar het aantal verschillende materialen veel minder is. Gelukkig is er een oplossing voor dit probleem. Loinc geeft d mogelijkheid om testen te definiëren in materiaal XXX. Dit leidt tot de volgende afspraak: Testen die onderling vergelken kunnen worden en die in vele verschillende materialen uitgevoerd kunnen worden krijgen bij voorkeur de loinc code met systeem XXX. Testen ie bij voorkeur in een specifiek materiaal worden uitgevoerd krijgen de code voor dat specifieke materiaal. bv serum bij serologische testen. Bij de keuze voor system XXX dient men zich ook te realiseren of de referentiewaarden voor de verschillende materialen overeenkomen. Dezefde loinc code voor testen met verschillende referentiewaarden kunnen in sommige LIMS sytemen voor problemen zorgen.

Een speciaal probleem zijn testen die in 2 verschillende materialen worden uitgeverd (bv Serum en liquor bij het berekenen van GWC ratio's) Het betreft eigenlijk 2 teseten die asl set worden aangevraagd en uitgevoerd waarbij het resultaat van de test samengesteld wordt uit beide observaties. Het zijn dus eigenlijk 2 testen met een interpretatie. Momenteel is nog niet volledig uitgekristalliseerd hoe hiermee om te gaan. (1 Loinc met een combinatie van systemen of meerdere loinc codes elk met hun eigen systeem.)

Voor serologische testen kan in de loinc tabel verschillende systemen gevonden worden, met name het systeem 'serum' of de combinatie 'serum of plasma'. Binnen de Nederlandse subset hebben we de afspraak gemaakt om de loinc code met systeem serum te kiezen voor serologische testen omdat dit het voorkeursmateriaal is waarin deze test wordt uigevoerd OOK als de test ook in plama kan worden verricht. De specificatie van het materiaal wordt dan elder in het bericht meegegeven (SPM segment, zie hieronder)

Methode

Dit veld in de loinc geeft de mogelijkheid om de methode te specificeren. Echter in sommige gevallen is de methode in loinc niet eenduidig o onvolledig gespecificeerd. Het beste voorbeeld zijn de serologische testen. Er worden verschillende werologische methoden onderscheiden in loinc zoals IA (immunoassay), IB (immunoblot), complement fixatie, enz) maar ook methode loze. Voor IA willen we vaak nog gespecificcerder aangeven welke method gebruikt is en daarvoor wordt het methode veld in het HL7 bericht gebruikt. Bij de serologische Loinc's gaat de voorkeur daarom uit om een methodeloze loinc te gebruiken en de methode in het bericht verder te specificeren. Mogelijk wordt in de toekomst nog een verdere specificering aangebracht.

Specificeren van Materialen en Methode

Zoals hierboven reeds is uitgelegd is loinc soms onvoldoende om de gewenste informatie te coderen of zou dat leiden tot een wildgroei aan nieuwe loinc code's. In dit soort gevalllen is er gekozen om deze extra informatie elders in het HL7 bericht te plaatsen.

Materialen

Materialen worden binnen EvT in het HL7 bericht meegegeven in het SPM segment. Het materiaal dient hier altijd gespecificeerd te worden OOK als deze reeds in de LOINC code gedefinieerd is. Het materiaal wordt binnen EvT gecodeerd dmv SNOMED-CT concepten. Het materiaal wordt gecodeerd dmv van post coordinatie. Dit wil zeggen dat een materiaal niet gedefineerd wordt door een enkel code maar dat deze gedefinieerd wordt over 5 assen. Deze assen zijn: de substantie (bv urine), de anatomische lokatie (bv urinewegen), de morfologische afwijking (bv wond), de wijze van verkrijgen (bv punctie) en de 'identity' oftewel het gebruikte apparaat (device, bv cathetertip). Daarnaast kan nog apart in het bericht de lateraliteit (links of rechts) meegegeven worden. De lijst met veel gebruikte materialen is beschikbaar via op de Nicitz site. [2]

Methode

In het EvT bericht is de mogelijkheid om een specificatie van de methode mee te geven daar waar de Loinc code niet of onvoldoende informatie geeft. Voor de codering van de methode wordt gebruik gemaakt van SNOMED-CT. Een lijst met methode codes is beschikbaar op de NICTIZ website [3]

Resultaat en Resultaatverzamelingen

Kwantitatieve testen en eenheden

Een kwantitatieve test is een test waarbij het resulaat een hoeveelheid is en waarbij de mogelijke waarden van het resultaat een vaste relatie tot elkaar hebben. Dit kan een continue reeka van waarden zijn met een eenheid zijn zoals concentraties in mg/mL of discrete waarden zonder eenheid (titer bepalingen). Het resulataat van een quantitatiev etest is dus een getal met enventueel en eenheid. Voor het coderen van de eenheiden is gakozen voor UCUM [4]. UCUM is een manier om eenheden zoals SI-eenheden, weer te geven zodat die eenduidig door elektronische systemen kunnen worden verwerkt. UCUM definieert zelf dus geen eenheden. Binnen de labcodeset heeft het codeeer team een keuze gemaakt voor de eenheid. Daar waar voor een bepaalde test meerdere eenheden in omloop waren is er toch een keuze gemaakt voor een enkele eenheid. (bv mg/L ipv ug/mL bij antibiotica resistenties). Een consequentie van deze keuze is dat sommige laboratoria in hun systeem over moeten naar nieuwe eenheden. In het voorbeeld hierboven is dat geen grote wijziging maar indien er over gegaan wordt van mmol/L naar mg/L is de impact vele malen groter. Om communicatie tussen zorgverleners mogelijk te maken is het echter essentieel dat hierin en keuze wordt gemaakt. Aan het inhoudelijk beheer van de labcodeset is het de taak om te waken dat de keuze van de eenheden eenduidig is. Dwz dat vergelijkbare testen dezelfde eenheid krijgen.

Ordinale resultaat verzamelingen

Sommige observaties of microbiologische testen hebben als resultaat een goed geordend lijst aan mogelijke uitkomsten maar er is geen lineare relatie tussen deze uitkomsten. Voorbeelden zijn bv rapportage van hoeveelheid microorganismen als 1+, 2+, 3+ of aanwezig, afwezig. In de praktijk blijkt dat verschillende laboratoria voor deze uitslag verzameling eigen keuzes hebben gemaakt. Met andere woorden het zijn eigen lijsten en er is geen afstemming tussen de laboratoria over de onderlinge relatie. Dit maakt uitwisselen en eenduidoge interpretatie van gegevens onmogelijk. Immers hoe verhoud een resultaat van een laboratoium dat hoeveelheden rapporteerd als 1+, 2+, 3+ zich tot een lab dat rapporteerd als sporadisch, weinig, veel? De eenheid van taal werkgroep zal binnen de labcodeset bij ordinale observatie een voorstel doen voor de te gebruiken uitslag verzameling. De individuele waarden van deze verzamelingen zullen gecodeerd worden mbv SNOMED-CT codes. Deze codes zijn enkel nodig voor communicatie tussen laboratoria en laboratoria zijn vrij om binnen hun eigen systeem eigen vertalingen te hanteren.

een voorbeeld van een resultaat verzameling is de ordinale lijst welke gebruikt wordt voor het rapporteren van ordinale moleculaire en serologische bepalingen.

SNOMED-CT concept preferred name Nederlandse vertaling
260373001 Detected Aangetoond
260415000 Not detected Niet aangetoond
419984006 Inconclusive Onduidelijk
82334004 Indeterminate Onbepaald

Onduidelijk wil zeggen dat er wel een resultaat is maar dat er niet bepaald kan worden dat de teste positief danwel negatief (aangetoond danwel niet aangetoon) is. Onbepaald betekend dat het niet mogelijk was om een resultaat te genereren.

Ordinaal kwantitatieve observaties

Een speciale schaal is de ordinaal kwantitatieve schaal. Deze is gereserveerd voor resistentiebepaling omdat het hier om discrete waarden gaat op een continue schaal.

Nominale verzamelingen

Nominale uitslag verzamlingen zijn waarden die geen onderlinge volgorde hebben. Belangrijkste nominale verzameling binnen de labcodeset is de (micro)organisme tabel.

Organismen

De huidige Nederlandse micro-organisme referentieset met Nederlandse voorkeurstermen is beschikbaar op de NICTIZ website. [1] De microorganisme tabel is een dynamische tabel. De taxonomie van microorganismen is constant aan verandering onderhevig doordat organismen gereclassificeerd worden of dat organismen verwijnen of toegevoegd worden aan de tabel. Voor een zinvolle implementatie van de micro-organismen tabel in een Laboratorium informatie systeem is een continue beheer van de tabel in het LIMS onontbeerlijk. Een voorstel voor een beheerprocedure is te vinden op deze wiki

Referenties