informatiestandaarden - Gebruikersbijdragen [nl]

Toelichting op browser van Nederlandse Labcodeset

2025-05-26T15:12:21Z

Feikje Hielkema: Feikje Hielkema heeft pagina Landingspagina Labcodeset hernoemd naar Toelichting op browser van Nederlandse Labcodeset: Twee pagina's met titel 'landingspagina' geven onduidelijkheid. Zie https://nictiz.atlassian.net/browse/LAB-615

== Toelichting browser Nederlandse Labcodeset ==
===Labcodeset definities en regels===
De [https://labterminologie.nl/art-decor/labconcepts Nederlandse Labcodeset] bevat LOINC concepten die in Nederland gebruikt worden bij berichten tussen laboratoria onderling. Toelichting omtrent het dossier gegevensuitwisseling van laboratoriumuitslagen is te vinden in de [[lc:Labcodeset handleiding Eenheid van Taal in laboratoriumgeneeskunde - informatiestandaarden|handleiding Eenheid van Taal in laboratoriumgeneeskunde]].

De Nederlandse Labcode bevat:
* Het betreffende LOINC concept (Engelse variant).
* De vertaling naar Nederlands uit LOINC, mits daar aanwezig.
* Een Nederlandse Long Common Name, als deze bestaat in LOINC of is toegevoegd in de applicatie.
* Een koppeling aan een of meer materialen uit Snomed-CT.
* Eventueel een koppeling aan een of meer methoden.
* Eventueel een koppeling aan een uitkomst.
* Eventueel een commentaar met nadere toelichting.
====Materiaal====
Bij het toevoegen van een concept uit LOINC, wordt het LOINC System vertaald naar een Snomed CT materiaal met een vertaaltabel, waarbij het materiaal automatisch toegevoegd wordt. De vertaaltabel is te vinden op: https://labterminologie.nl/art-decor/loinc-snomed-mapping. Bij System='XXX' wordt géén materiaal toegevoegd, de gebruiker dient dit zelf te doen. Een Labcode met status 'active' en een LOINC concept met System='XXX' MOET een gekoppeld materiaal hebben.

In beginsel wordt er één materiaal gekoppeld, behoudens gevallen als 'Urine + Ser/Plas'. Daar worden meer Snomed materialen gekoppeld, behalve in gevallen waar Snomed een gecombineerd concept heeft (zoals "Acellular blood (serum or plasma) specimen (specimen)" voor Ser/Plas).

Bij materialen worden de volgende attributen opgeslagen, mits van toepassing op dat materiaal:
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=370133003 Specimen substance (attribute)]
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=118169006 Specimen source topography (attribute)]
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=118168003 Specimen source morphology (attribute)]
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=118170007 Specimen source identity (attribute)]
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=118171006 Specimen procedure (attribute)]

====Methode====
Methodes dienen geselecteerd te worden uit de SNOMED-tak 272394005 | Technique (qualifier value)|. Als daar methodes ontbreken kunnen die worden aangevraagd in het BITS-project 'SNOMED CT - beheer'.
Het zal enige tijd vergen om alle methodes die nu in de methode-tabel staan, te koppelen. Voorlopig dwingen we het bestaan van een koppeling daarom niet af; maar als er een koppeling is, dan moet die een afstammeling zijn van 272394005 | Technique (qualifier value)|.
====Uitkomst====
Uitkomsten zijn:
* Eenheid: Alléén kwantitatieve bepalingen hebben een UCUM-eenheid; maar niet alle kwantitatieve bepalingen hebben een eenheid (bv. pH-waarde is een uitzondering). De tabel die nu in Labcodeset zit is volledig; UCUM-eenheid wordt gekozen uit die tabel.
* Ordinaal: er is al een aantal ordinale lijsten gedefinieerd.
* Nominaal: Er is één nominale lijst: die van micro-organismen. We gebruiken altijd de volledige lijst, niet een subset. Ook als LOINC een specifiek organisme noemt; want het kan best dat je bij het uitvoeren van die test toch een ander organisme ontdekt en dat wil je dan wel kunnen rapporteren.
* Met andere mogelijkheden in LOINC zoals Narrative en Document wordt niets speciaals gedaan.

===Status van Labcode concepten===
Labcode concepten ondergaan de volgende status-cyclus.

[[Bestand:Lab-state-diagram.png|none|960px|Statusovergangen|links]]
* potential: voor LOINC concepten die nog niet in de Labcodeset zitten, en dus potentieel lid gemaakt kunnen worden
* initial: initieel ingeladen concepten
* draft: concepten die lid van de Labcodeset kunnen worden
* active: concepten die lid van de Labcodeset kunnen worden
* update: concepten die lid van de Labcodeset zijn, maar aangepast moeten worden
* pending: bewerkte concepten klaar zijn om 'active' gemaakt te worden door een collega (4-ogen principe)
* retired: concepten die ooit lid van de Labcodeset waren
Lab administrators kunnen concepten die per abuis 'retired' zijn gemaakt, weer op 'draft' zetten. Daarnaast hebben alle concepten een LOINC status. Voor Labcodes die 'active' zijn, MOET de LOINC status ook 'ACTIVE' zijn.

Ingelogde gebruikers zien de concepten met de 'echte' status. Niet-ingelogde gebruikers zien de concepten die nu 'update' of 'pending' zijn maar ooit 'active' waren in de laatste versie die ooit 'active' was (voor 'update' is die er altijd, voor 'pending' niet altijd). Niet-ingelogde gebruikers zien ook gewone 'active' en 'retired' concepten.

Bij het 'retired' maken van concepten dient een reden opgegeven te worden in het veld 'Reden voor retired'. Indien van toepassing kunnen ook een of meer vervangende concepten aangegeven worden.

===Controles===
Bij het 'active' maken van een concept worden de volgende controles uitgevoerd.
* Is de status overgang toegestaan?
* Heeft de ingelogde gebruiker een andere dan de laatste bewerker (4-ogen principe)? Deze controle geldt niet voor panels: wanneer de panel members active (en dus gecontroleerd) zijn, mag iedere user het panel active maken.
* Is er een ERROR of WARNING (zie hieronder)?
Is het antwoord op een van deze vragen nee, dan is active maken niet toegestaan. De controles worden ook uitgevoerd bij andere wijzigingen in het concept.

=== Errors ===
De volgende fouten worden gesignaleerd. Een concept met een ERROR kan niet 'active' gemaakt worden. Een ERROR wordt zichtbaar gemaakt met een uitroepteken op rood bordje, een WARNING is een oranje uitroepteken zonder bordje. De error zelf is leesbaar onder Details. Als er geen fouten zijn, verdwijnt de error vlag weer.
{| class="wikitable"
|-
! Status || Foutcode !! Toelichting
|-
| ERROR || MISSING || Labcodeset concept uit Labcodeset bestaat niet in LOINC
|-
| ERROR || STATUS || LOINC concept heeft niet status 'ACTIVE' (en Labcodeset concept heeft niet status 'retired')
|-
| ERROR || NOUNIT || Labcodeset concept met schaal 'kwantitatief' ('Qn') heeft geen eenheid
|-
| WARNING || NOCOMP || LOINC concept heeft geen component in Nederlands
|-
| WARNING || PRERELEASE || LOINC concept heeft status PRERELEASE
|-
| ERROR || AXISCHANGE|| Bij inlezen nieuwe LOINC release is een gewijzigde LOINC as gevonden: Deze fout wordt eenmalig gegenereerd en verdwijnt vanzelf bij een statuswijziging.
|-
| ERROR || NOMATERIAL || Aan System van LOINC concept is geen materiaal toegewezen in de LOINC-Snomed mapping tabel
|-
| ERROR || NOMAPPING || Er is geen LOINC System naar Snomed materiaal mapping voor dit Labcodeset concept
|-
| ERROR || NOPANEL || LOINC concept heeft type 'Panel', maar er wordt geen panel gevonden
|-
| ERROR || PANELMEMBER || LOINC concept is een panel maar sommige panel members zitten niet in de Labcodeset
|-
| ERROR || PANELSTATUS || LOINC concept is een 'active' panel maar sommige panel members zijn niet 'active'
|-
| ERROR || UNITREF|| Er is een referentie naar een unit die niet meer bestaat
|-
| ERROR || MATERIALREF|| Er is een referentie naar een materiaal dat niet meer bestaat
|-
| ERROR || METHODREF|| Er is een referentie naar een methode die niet meer bestaat
|-
| ERROR || VALUESETREF|| Er is een referentie naar een ordinale valueset die niet meer bestaat
|}

=== LOINC Panels ===
LOINC Panels zijn sets van gerelateerde LOINC testen, die samen aangevraagd of uitgevoerd kunnen worden. Een voorbeeld is:
{| class="wikitable"
|-
! LOINC code !! Component !! Panel / lid
|-
| 43135-3 || 17-Ketosteroiden & 17-Ketogen steroiden panel|| Panel
|-
| 27866-3 || 17-Ketogen steroiden|| Lid
|-
| 21038-5 || 17-Ketosteroiden || Lid
|-
| 13362-9 || Verzamelduur|| Lid
|-
| 3167-4 || Monstervolume|| Lid
|}
De LOINC code 43135-3 is een Panel, die samengesteld is uit 4 testen.
==== Panel weergave ====
De Labcodeset kan geopend worden in normale weergave of Panel weergave. Bij normale weergave worden zoekresultaten getoond met het kopje 'Resultaten', in Panel weergave met de kop 'Panel'. In Panel weergave wordt een panel getoond, met alle onderdelen van dat Panel. Het Panel staat bovenaan, de Panel members zijn ingesprongen. De volgorde volgt de 'Sequence' zoals gedefinieerd in LOINC.

In normale weergave kan de status van een Panel niet gewijzigd worden. De Panel weergave kan geopend worden met de 'Verkenner' button naast de volledige name van een panel (button alleen zichtbaar bij panels). Panel weergave kan ook geopend worden met een link van de vorm:
{hostname}/art-decor/labconcepts?search=43135-3&panel=true
[[Bestand:Lab-panel-mode.PNG||Panel weergave]]

In Panel weergave kan de status van een Panel wel gewijzigd worden. Als een Panel wordt toegevoegd (status 'potential' -> 'draft') worden alle elementen eronder ook op 'draft' gezet als ze nog geen onderdeel van de Labcodeset zijn. Zijn ze dat wel, dan behouden ze de bestaande status. Een Panel kan pas 'active' gemaakt worden als alle elementen eronder ook 'active' zijn. In Panel weergave wordt altijd ook gezocht in LOINC, omdat ook elementen die bij het Panel horen, maar (nog) geen onderdeel zijn van de Labcodeset getoond moeten worden. Daarom staan de status filters ook uit. In Panel weergave worden dus alle concepten getoond.
==== NL panels ====
LOINC staat het aanpassen van panels onder bepaalde condities toe. Zie voor details de LOINC Users Guide: "Business rules for users mapping their local panels to LOINC panels"

Dit wordt ondersteund in de applicatie. In de Panel weergave is boven de lijst concepten een knop 'Maak NL panel' te zien (als panel draft of update is). Deze maakt een lokale (Nederlandse) kopie van het panel. Als er al een lokale kopie van het panel is, zie je een 'Verwijder NL panel' knop. Let op: verwijderen kan niet ongedaan gemaakt worden!

Bij een NL panel in Panel weergave zitten meer knoppen onder de lijst met concepten (direct onder het kopje 'Details'). Panel members die niet 'R' (required) zijn, kunnen verwijderd worden (of als ze al verwijderd zijn, weet toegevoegd). Er concept kan ook vervangen worden door een ander concept. Daartoe moet het nieuwe concept id eerst opgezocht worden. Daarna kan het ingevoerd worden na de 'Vervang' knop.

[[Bestand:Vervang-panelmember.png||Panel member vervangen]]

In dit voorbeeld is een NL panel te zien waar concept '51733-4' is verwijderd en 'Hemoglobine [massa/volume] in arterieel bloed' is vervangen door 'Hemoglobine [mol/volume] in arterieel bloed'.

[[Bestand:Lokaal-panel.png||Lokaal Panel]]
==== NL panels stap voor stap ====
# Je haalt een concept uit LOINC. Als dat een panel is, zet de applicatie alle leden op 'draft' (anders zou je met de hand alle leden van het panel zelf uit LOINC toe moeten voegen).
# Je maakt er een NL panel van.
# Concepten die je niet wilt (mol/volume etc.) zet je op 'rejected' (paarse bol). Dan verdwijnen ze uit de LCS (worden witte bol). (Uiteraard kun je ze ook in de LCS laten en alleen uit dit panel verwijderen, sla deze stap dan over.)
# De verwijderde (witte bol) concepten verwijder je uit Panel met de "Verwijder concept X" of je vervangt ze met de "Vervang" knop.
# Maak alles active (= laat collega dat doen, uiteraard).
====Bestaande NL panels bewerken====
Wanneer er concepten uit een al 'active' NL panel verwijderd of toegevoegd moeten worden:
# Zet het hele panel op 'update'.
# Verwijder of vervang concepten.
# Maak het panel weer active (= laat collega dat doen, uiteraard).

== Handleiding Applicatie ==
In de Nederlandse Labcodeset applicatie kan gezocht worden op concepten in de Labcodeset. Er zijn drie soorten gebruikers:
* guests: deze zijn niet ingelogd en kunnen alleen concepten met status 'active' en 'retired' zien (voor concepten die ooit 'active' waren zien ze de laatste 'active' versie.)
* beheerders: gebruikers die ingelogd zijn en lid van group 'lab', deze kunnen alle concepten zien en wijzigen.
* lab administrators: gebruikers met aanvullende rechten om correctieve handelingen uit te voeren. Zij zijn lid van groups 'lab' en 'lab-admin'. Zij kunnen bijvoorbeeld concepten met status 'retired' opnieuw toevoegen aan de Labcodeset.

===Zoeken===
Zoeken op concepten gebeurt door het invoeren van een zoekstring en op Enter te drukken of op 'Zoeken' te klikken. Mogelijke zoekstrings zijn:
* op naam, b.v. 'fungus' of 'schimmel'
* op LOINC code, b.v. '21003-9'
* op LOINC System, b.v. 'Saliva' of 'Speeksel'
* op LOINC class, b.v. 'PANEL.CHEM'
* alles zoeken: '*' - dit is met name zinvol in combinatie met een status, b.v. alle 'draft' concepten zoeken
* zoeken op concepten met fouten (vinkje voor uitroepteken)
* zoeken op concepten met comments (vinkje voor bubbel)

Wanneer er meer dan 100 zoekresultaten zijn, worden alleen de eerste 100 getoond. De gebruiker kan dan kiezen om de zoektermen te verfijnen voor minder resultaten, of alles te tonen.

Resultaten worden getoond als de zoekstring voorkomt in een van de volgende LOINC velden, of in een gekoppeld materiaal of methode:
* longName
* shortName
* component
* timing
* scale
* property
* system
* method
* material
* class
Ingelogde gebruikers kunnen verder selecteren op status met de vinkjes voor status naast het zoekveld. Standaard wordt alleen gezocht in de Labcodeset. Ook kan gezocht worden op concepten in LOINC door het aanvinken van 'zoeken LOINC'. In dat geval worden alle concepten uit LOINC getoond. Wanneer het concept alleen in LOINC bestaat, maar niet in de Labcodeset wordt een open bol (status 'potential') getoond. Wanneer het concept ook in de Labcodeset bestaat, wordt de status uit de Labcodeset getoond.

===Geavanceerd zoeken===
Het is mogelijk te zoeken met een query syntax. Wanneer de vink 'Zoeken LOINC' aan staat, wordt de geavanceerde syntax genegeerd.

Voorbeelden:
* Zoek naar 'hemo' maar niet in system 'urine' en alleen scale 'ordinaal':
''' hemo -sys:urine sca:ordinaal
* Zoek naar alles in system 'bloed' of 'arter' (van: 'arterieel bloed') met error 'nounit' (geen eenheid)
''' * sys:bloed sys:arter err:nounit

Gezocht kan worden op:
* pro[perty]
* tim[ing]
* sys[tem]
* sca[le]
* cla[ss]
* err[or]
Alleen de eerste drie karakters worden beoordeeld. Er worden resultaten weergegeven die beginnen met wat na de as komt, dus 'sys:art' geeft alles weer waarvan system met 'art' begint. Dit geldt niet voor errors, daar moet een [[#Errors|hele error code]] opgegeven worden b.v.: err:NOUNIT - ook bij warnings wordt zo gezocht, b.v. err:PRERELEASE). Alles wordt omgezet naar kleine letter, dus 'XXX' is hetzelfde als 'xxx'. Voor units moet de exacte UCUM notatie gegevens worden (b.v.: mmol/L).

* Negatieve zoektermen (die beginnen met '-') worden uitgesloten uit de zoekresultaten. Dus bij ''''-sys:bloed -sys:urine'''' worden noch urine, noch bloed getoond.
* Positieve zoekterm worden ingesloten, dus ''''sys:bloed sys:urine'''' laat alles zien waarvan het system 'bloed' of 'urine' is.
* '+sys:bloed +sys:urine' is equivalent aan 'sys:bloed sys:urine'.

Unit queries:
Zoeken gebeurt met unit:{ucum}. Gebruik altijd 'unit' met 4 letters. Voor units moet de exacte UCUM notatie gegevens worden (b.v.: unit:mmol/L). Bij units worden geen negatieve zoektermen ondersteund.

===Bewerken door beheerders===
Een gebruiker die lid is van groep 'lab' (dit wordt gedefinieerd in de database bij het aanmaken van de user) kan concepten toevoegen. Dit gebeurt door te zoeken in LOINC, en een concept met status 'potential' op 'draft' te zetten.

Concepten in de Labcodeset kunnen van status gewijzigd worden. Als een concept op 'draft' gewijzigd wordt naar 'rejected', wordt het verwijderd uit de Labcodeset.

Een concept kan alleen 'active' gemaakt worden door een andere user dan degene die het 'draft' dan wel 'update' heeft gemaakt. Dit is het vier-ogen-principe: concepten in de Labcodeset moeten door twee personen zijn bekeken.

==Ontwikkelaars==
Een aantal aspecten van de Nederlandse Labcodeset is bereikbaar in een machine-leesbaar formaat.

Eenheden zijn te vinden op https://labterminologie.nl/lab-data/data/units.xml

Ordinale lijsten zijn te vinden op https://labterminologie.nl/lab-data/data/ordinals.xml

De LOINC System naar SNOMED mapping is te vinden op https://labterminologie.nl/lab-data/data/loincsystem-to-snomed.xml

Een eenvoudige REST API is bereikbaar op https://labterminologie.nl/lab/api/lcs/2019-8

Het format is [base]/[id]?[params]:
* base: https://labterminologie.nl/lab/api/lcs
* loinc-id. b.v.: 2019-8
* optionele param: loinc=true

Zonder de parameter loinc=true worden alleen concepten uit de Nederlandse Labcodeset teruggegeven. Met de parameter worden ook concepten die niet in de LCS zitten, maar wel in LOINC, geretourneerd.

De Header Accept kan application/json of application/xml (default) meegeven.

<nowiki>
</nowiki>

==Onderhoud==
Zie: [[lc:Labcodeset_onderhoud|Labcodeset onderhoud]]

Landingspagina Labcodeset

2025-05-26T15:12:21Z

#DOORVERWIJZING [[Toelichting op browser van Nederlandse Labcodeset]]

lc:Labcodeset onderhoud

2025-02-20T14:00:09Z

Feikje Hielkema:

{{DISPLAYTITLE:Labcodeset - onderhoud|noreplace}}

==Database structuur==
In de collectie data/lab_concepts zit een <lab_concept> element per rij in de LCS. Hierin zit het Engelse en Nederlandse LOINC concept zoals uit LOINC geïmporteerd. DE Nederlandse Long Common Name wordt gegenereerd, deze wordt toegevoegd bij gebruik van de functies in api-labterm.xqm.

Er zijn meer children in <lab_concept>: materials, units, outcomes en errors. Voor errors zie de gebruikershandleiding. De andere bevatten <material> of <unit> een of <valueSet> met een @ref attribuut wat wijst naar een @id in de collecties materials.xml, units.xml of ordinals.xml. Er is ook een methods child mogelijk, maar dat wordt (nog?) niet gebruikt.

Lab concepts leunen erg op de Panels. De panel structuur wordt geimporteerd uit loinc.

Naast de lab_concepts zijn er nog:
* local_panels, met de Nederlandse varianten op internationale panels
* loinc-system-to-snomed: een mapping tabel tussen System en Snomed, meestal children van Specimen (maar niet altijd)
* materials, units, ordinals, nominals met de te gebruiken bronnen. Er is maar een nominale lijst, deze is nu hard-coded aanwezig
* prerelease, hierin kunnen concepten uit de LOINC prerelease tabel opgenomen worden. De prerelease HTML tabel kan ingelezen worden met een Jupyter Notebook.
* old_data, hierin zitten data van voor een LOINC-upgrade, wordt automatisch overschreven de volgende keer
Rijen uit units en materials mogen nooit verwijderd worden, uitgegeven id's moeten uniek blijven, deze moeten status=retired krijgen als ze niet meer gebruikt worden.

==Nieuwe LOINC release==
Wanneer er een nieuwe release van LOINC geïnstalleerd is, moeten de concepten in de Labcodeset bijgewerkt worden.
Dat gebeurt door een eXist gebruiker met 'dba' rechten, door het draaien van de XQuery (in helpers) 'update-from-loinc.xquery'.

Deze zal:
* LOINC concepten vervangen door de nieuwere LOINC concepten
* Controleren of status LOINC <> ACTIVE is voor concepten die wel 'active' zijn in LCS
* Alle assen behalve Component (dus: System, Property, Timing, Scale, Method) controleren op wijzigingen tussen de LCS versie en de nieuwe LOINC versie
* Foutmelding toevoegen voor beide bovenstaande issue, en indien van toepassing de status in LCS van 'active' naar 'update' zetten.
* Alle concepten die na bovenstaande controles 'active' zijn in de LCS, controleren op nieuwe fouten (b.v. als gevolg van een gewijzigde panel inhoud). Deze worden bij fouten alsnog op 'update' gezet.

Stappen:
Vooraf:
* lock de database voor gebruikers via backend (zie lock.xml in applicatie root)
* tellen van errors (count-errors.xquery) en statussen (count-status.xquery), bewaar resultaten
* maak een "vooraf" publicatie
Uitvoeren:
* installeer laatste LOINC release (doe dit pas na de "vooraf" stap, anders worden wijzigingen in panels niet goed geregistreerd)
* draai update-from-loinc.xquery, kan een tijd duren (tel eventueel status tussendoor om voortgang te zien
* de praktijk wijst uit dat een reindex zinvol kan zijn
* draai check-active-concepts.xquery: deze zal fouten n.a.v. de LOINC release signaleren, o.a. panels die members erbij hebben, of members die niet meer 'active' zijn, deze controles kunnen pas gedraaid worden nadat alle concepten zijn bijgewerkt
Na draaien:
* tellen van errors (count-errors.xquery) en statussen (get-lab-concepts-counts.xquery)
* er zullen meestal concepten van active->update zijn gezet, meld deze aan de gebruikers (ze zijn ook te vinden met err:FOUT zoekopdrachten)
* maak een "achteraf" publicatie
* maak een delta vooraf-achteraf
* controleren en verwijderen van old-data als alles goed gegaan is
* de eventuele prerelease.xml leeg maken of vervangen door de laatste prerelease van LOINC
* controleer met err:PRERELEASE of er nog prerelease concepten in de database zitten, dat zou niet zo moeten zijn. Indien toch, overleg met gebruikers.
* meld gebruikers dat e.e.a. afgerond is, stuur (link naar) delta mee

==Bijwerken LOINC-Snomed mapping==
In de LOINC-Snomed tabel (loincsystem-to-snomed.xml) zitten de mappings tussen LOINC System en Snomed concepten. Voor één LOINC System kunnen meerdere rijen voorkomen, b.v. LOINC System "Bld/Tiss" mapt op Snomed concept "Blood (Specimen)" en "Tissue (Specimen)". Deze tabel is geïmporteerd uit de LOINC-Snomed mapping van Regenstrief. Daarnaast zitten er rijen in die niet in die mapping zitten, dat zijn de "dubbele" Systems (Bld/Tiss) en aparte gevallen (^Mother).

==Publicatie==
Voor het maken van een publicatie is het wenselijk:
* alle concepten te controleren
* de eenheden tabel te valideren op geldige ucum-eenheden (dat kan met het uploaden van een Excel op: https://ucum.nlm.nih.gov/ucum-lhc/demo.html)

Gebruikers kunnen een publicatie maken. Het publicatieproces genereert:
* lab-concepts-full-{timestamp}.xml, dit is de uitvoer van het publicatieproces.
* lab-concepts-{timestamp}.xml, een vereenvoudigde versie, gemaakt met simplify-publication.xsl, dit is de te publiceren versie. Door de 2-fasen aanpak is het eindgebruikersformaat eenvoudig aan te passen.
* lab-concepts-{timestamp}.html, een leesbare versie, gemaakt uit de full-versie met publicatie2html.xsl.

Noot: de eerste publicatie kent deze 3 varianten niet, alleen een lab-concepts-{timestamp}.xml met een 'full' versie erin.

Wanneer een <publication... attribuut @publication="true" heeft, is verwijderen via de UI niet mogelijk, en hebben alle gebruikers, ook guest, 'read' toegang. Zetten van @publication gebeurt via Oxygen.

==Diffs==
Worden gemaakt met diff-publications.xquery, nu nog vanuit de db, UI is todo. Input zijn twee timestamps zoals die in @effectiveDate in een publicatie zitten. Als invoer worden 2 full publicaties gebruikt. Uitvoer is:
* diff-{timestamp}-{timestamp}.xml
* diff-{timestamp}-{timestamp}.html
==Prerelease==
Het inlezen van prereleases van https://loinc.org/prerelease/ gebeurt met een Jupyter notebook, te vinden op: https://github.com/Nictiz/Labcodeset
Deze kan (b.v.) gedraaid worden op Colab (alternatieven zijn Azure, Binder of Jupyterlab lokaal installeren).
Volg de volgende stappen:
* ga naar https://colab.research.google.com/
* log in met Google credentials, kan gewoon een GMail account of zo zijn
* kies File -> Upload notebook...
* Kies de Github tab
* Voer "nictiz" in in zoekveld en Enter, er komt een dropdown waar Nictiz/Labcodeset gekozen kan worden
* Kies bij de notebooks die verschijnen prerelease/prerelease.ipynb
* Volg de instructies. "Run" zit bij Colab in de [>] vakjes. Alle vakjes [>] aanklikken
* Je kunt naar 'Acceptatie' testen bij de dropdown.
* Je kunt ook naar "Productie".
* De notebook overschrijft dan met de meest recente prerelease van Regenstrief. Prereleases zijn cumulatief, dus dat is in orde, alleen na een nieuwe LOINC release zet Regenstrief de prelease tabel weer op leeg.
* Let wel altijd op: even visueel de uitvoer controleren na inlzen van de Regenstrief HTML prerelease: als ze weer iets wijzigen, kan het zijn dat de code niet werkt.
==Nieuwe software release==
Bij het installeren van een nieuwe software release de volgende stappen uitvoeren:
* ticket voor de release aanmaken in LCB project in BITS
* opgeloste tickets hieraan relateren
* versienummer in build.xml ophogen
* commit naar master van ART-DECOR backend in Bitbucket
* xar maken
* xar installeren op acceptatieomgeving
* recente versie van lab-data tak van productie naar de acceptatieomgeving
* testen op acceptatieomgeving
* bij fouten die niet acceptabel zijn, terug naar ontwikkeling
* anders:
* Ilionx informeren
* lock de database voor gebruikers via backend
* xar installeren op productieomgeving
* testen zonder datawijzigingen (read only) op opgeloste tickets waar mogelijk
* releasenotes samenstellen voor gebruikers
* productieomgeving opstarten (Tomcat starten)
* gebruikers informeren

Toelichting op browser van Nederlandse Labcodeset

2025-02-20T13:57:52Z

Feikje Hielkema:

== Handleiding Nederlandse Labcodeset ==
===Labcodeset definities en regels===
De Nederlandse Labcodeset bevat LOINC concepten die in Nederland gebruikt worden bij berichten tussen laboratoria onderling. Informatie over de samenstelling van de Nederlandse set en de afspraken rondom coderingen (codeerconventies) van microbiologische testen zijn [[Labcodes_microbiologie|hier]] te vinden.

De Nederlandse Labcode bevat:
* Het betreffende LOINC concept (Engelse variant).
* De vertaling naar Nederlands uit LOINC, mits daar aanwezig.
* Een Nederlandse Long Common Name, als deze bestaat in LOINC of is toegevoegd in de applicatie.
* Een koppeling aan een of meer materialen uit Snomed-CT.
* Eventueel een koppeling aan een of meer methoden.
* Eventueel een koppeling aan een uitkomst.
* Eventueel een commentaar met nadere toelichting.
====Materiaal====
Bij het toevoegen van een concept uit LOINC, wordt het LOINC System vertaald naar een Snomed CT materiaal met een vertaaltabel, waarbij het materiaal automatisch toegevoegd wordt. De vertaaltabel is te vinden op: https://labterminologie.nl/art-decor/loinc-snomed-mapping. Bij System='XXX' wordt géén materiaal toegevoegd, de gebruiker dient dit zelf te doen. Een Labcode met status 'active' en een LOINC concept met System='XXX' MOET een gekoppeld materiaal hebben.

In beginsel wordt er één materiaal gekoppeld, behoudens gevallen als 'Urine + Ser/Plas'. Daar worden meer Snomed materialen gekoppeld, behalve in gevallen waar Snomed een gecombineerd concept heeft (zoals "Acellular blood (serum or plasma) specimen (specimen)" voor Ser/Plas).

Bij materialen worden de volgende attributen opgeslagen, mits van toepassing op dat materiaal:
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=370133003 Specimen substance (attribute)]
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=118169006 Specimen source topography (attribute)]
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=118168003 Specimen source morphology (attribute)]
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=118170007 Specimen source identity (attribute)]
* [https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct?conceptId=118171006 Specimen procedure (attribute)]

====Methode====
Methodes dienen geselecteerd te worden uit de SNOMED-tak 272394005 | Technique (qualifier value)|. Als daar methodes ontbreken kunnen die worden aangevraagd in het BITS-project 'SNOMED CT - beheer'.
Het zal enige tijd vergen om alle methodes die nu in de methode-tabel staan, te koppelen. Voorlopig dwingen we het bestaan van een koppeling daarom niet af; maar als er een koppeling is, dan moet die een afstammeling zijn van 272394005 | Technique (qualifier value)|.
====Uitkomst====
Uitkomsten zijn:
* Eenheid: Alléén kwantitatieve bepalingen hebben een UCUM-eenheid; maar niet alle kwantitatieve bepalingen hebben een eenheid (bv. pH-waarde is een uitzondering). De tabel die nu in Labcodeset zit is volledig; UCUM-eenheid wordt gekozen uit die tabel.
* Ordinaal: er is al een aantal ordinale lijsten gedefinieerd.
* Nominaal: Er is één nominale lijst: die van micro-organismen. We gebruiken altijd de volledige lijst, niet een subset. Ook als LOINC een specifiek organisme noemt; want het kan best dat je bij het uitvoeren van die test toch een ander organisme ontdekt en dat wil je dan wel kunnen rapporteren.
* Met andere mogelijkheden in LOINC zoals Narrative en Document wordt niets speciaals gedaan.

===Status van Labcode concepten===
Labcode concepten ondergaan de volgende status-cyclus.

[[Bestand:Lab-state-diagram.png|none|960px|Statusovergangen|links]]
* potential: voor LOINC concepten die nog niet in de Labcodeset zitten, en dus potentieel lid gemaakt kunnen worden
* initial: initieel ingeladen concepten
* draft: concepten die lid van de Labcodeset kunnen worden
* active: concepten die lid van de Labcodeset kunnen worden
* update: concepten die lid van de Labcodeset zijn, maar aangepast moeten worden
* pending: bewerkte concepten klaar zijn om 'active' gemaakt te worden door een collega (4-ogen principe)
* retired: concepten die ooit lid van de Labcodeset waren
Lab administrators kunnen concepten die per abuis 'retired' zijn gemaakt, weer op 'draft' zetten. Daarnaast hebben alle concepten een LOINC status. Voor Labcodes die 'active' zijn, MOET de LOINC status ook 'ACTIVE' zijn.

Ingelogde gebruikers zien de concepten met de 'echte' status. Niet-ingelogde gebruikers zien de concepten die nu 'update' of 'pending' zijn maar ooit 'active' waren in de laatste versie die ooit 'active' was (voor 'update' is die er altijd, voor 'pending' niet altijd). Niet-ingelogde gebruikers zien ook gewone 'active' en 'retired' concepten.

Bij het 'retired' maken van concepten dient een reden opgegeven te worden in het veld 'Reden voor retired'. Indien van toepassing kunnen ook een of meer vervangende concepten aangegeven worden.

===Controles===
Bij het 'active' maken van een concept worden de volgende controles uitgevoerd.
* Is de status overgang toegestaan?
* Heeft de ingelogde gebruiker een andere dan de laatste bewerker (4-ogen principe)? Deze controle geldt niet voor panels: wanneer de panel members active (en dus gecontroleerd) zijn, mag iedere user het panel active maken.
* Is er een ERROR of WARNING (zie hieronder)?
Is het antwoord op een van deze vragen nee, dan is active maken niet toegestaan. De controles worden ook uitgevoerd bij andere wijzigingen in het concept.

=== Errors ===
De volgende fouten worden gesignaleerd. Een concept met een ERROR kan niet 'active' gemaakt worden. Een ERROR wordt zichtbaar gemaakt met een uitroepteken op rood bordje, een WARNING is een oranje uitroepteken zonder bordje. De error zelf is leesbaar onder Details. Als er geen fouten zijn, verdwijnt de error vlag weer.
{| class="wikitable"
|-
! Status || Foutcode !! Toelichting
|-
| ERROR || MISSING || Labcodeset concept uit Labcodeset bestaat niet in LOINC
|-
| ERROR || STATUS || LOINC concept heeft niet status 'ACTIVE' (en Labcodeset concept heeft niet status 'retired')
|-
| ERROR || NOUNIT || Labcodeset concept met schaal 'kwantitatief' ('Qn') heeft geen eenheid
|-
| WARNING || NOCOMP || LOINC concept heeft geen component in Nederlands
|-
| WARNING || PRERELEASE || LOINC concept heeft status PRERELEASE
|-
| ERROR || AXISCHANGE|| Bij inlezen nieuwe LOINC release is een gewijzigde LOINC as gevonden: Deze fout wordt eenmalig gegenereerd en verdwijnt vanzelf bij een statuswijziging.
|-
| ERROR || NOMATERIAL || Aan System van LOINC concept is geen materiaal toegewezen in de LOINC-Snomed mapping tabel
|-
| ERROR || NOMAPPING || Er is geen LOINC System naar Snomed materiaal mapping voor dit Labcodeset concept
|-
| ERROR || NOPANEL || LOINC concept heeft type 'Panel', maar er wordt geen panel gevonden
|-
| ERROR || PANELMEMBER || LOINC concept is een panel maar sommige panel members zitten niet in de Labcodeset
|-
| ERROR || PANELSTATUS || LOINC concept is een 'active' panel maar sommige panel members zijn niet 'active'
|-
| ERROR || UNITREF|| Er is een referentie naar een unit die niet meer bestaat
|-
| ERROR || MATERIALREF|| Er is een referentie naar een materiaal dat niet meer bestaat
|-
| ERROR || METHODREF|| Er is een referentie naar een methode die niet meer bestaat
|-
| ERROR || VALUESETREF|| Er is een referentie naar een ordinale valueset die niet meer bestaat
|}

=== LOINC Panels ===
LOINC Panels zijn sets van gerelateerde LOINC testen, die samen aangevraagd of uitgevoerd kunnen worden. Een voorbeeld is:
{| class="wikitable"
|-
! LOINC code !! Component !! Panel / lid
|-
| 43135-3 || 17-Ketosteroiden & 17-Ketogen steroiden panel|| Panel
|-
| 27866-3 || 17-Ketogen steroiden|| Lid
|-
| 21038-5 || 17-Ketosteroiden || Lid
|-
| 13362-9 || Verzamelduur|| Lid
|-
| 3167-4 || Monstervolume|| Lid
|}
De LOINC code 43135-3 is een Panel, die samengesteld is uit 4 testen.
==== Panel weergave ====
De Labcodeset kan geopend worden in normale weergave of Panel weergave. Bij normale weergave worden zoekresultaten getoond met het kopje 'Resultaten', in Panel weergave met de kop 'Panel'. In Panel weergave wordt een panel getoond, met alle onderdelen van dat Panel. Het Panel staat bovenaan, de Panel members zijn ingesprongen. De volgorde volgt de 'Sequence' zoals gedefinieerd in LOINC.

In normale weergave kan de status van een Panel niet gewijzigd worden. De Panel weergave kan geopend worden met de 'Verkenner' button naast de volledige name van een panel (button alleen zichtbaar bij panels). Panel weergave kan ook geopend worden met een link van de vorm:
{hostname}/art-decor/labconcepts?search=43135-3&panel=true
[[Bestand:Lab-panel-mode.PNG||Panel weergave]]

In Panel weergave kan de status van een Panel wel gewijzigd worden. Als een Panel wordt toegevoegd (status 'potential' -> 'draft') worden alle elementen eronder ook op 'draft' gezet als ze nog geen onderdeel van de Labcodeset zijn. Zijn ze dat wel, dan behouden ze de bestaande status. Een Panel kan pas 'active' gemaakt worden als alle elementen eronder ook 'active' zijn. In Panel weergave wordt altijd ook gezocht in LOINC, omdat ook elementen die bij het Panel horen, maar (nog) geen onderdeel zijn van de Labcodeset getoond moeten worden. Daarom staan de status filters ook uit. In Panel weergave worden dus alle concepten getoond.
==== NL panels ====
LOINC staat het aanpassen van panels onder bepaalde condities toe. Zie voor details de LOINC Users Guide: "Business rules for users mapping their local panels to LOINC panels"

Dit wordt ondersteund in de applicatie. In de Panel weergave is boven de lijst concepten een knop 'Maak NL panel' te zien (als panel draft of update is). Deze maakt een lokale (Nederlandse) kopie van het panel. Als er al een lokale kopie van het panel is, zie je een 'Verwijder NL panel' knop. Let op: verwijderen kan niet ongedaan gemaakt worden!

Bij een NL panel in Panel weergave zitten meer knoppen onder de lijst met concepten (direct onder het kopje 'Details'). Panel members die niet 'R' (required) zijn, kunnen verwijderd worden (of als ze al verwijderd zijn, weet toegevoegd). Er concept kan ook vervangen worden door een ander concept. Daartoe moet het nieuwe concept id eerst opgezocht worden. Daarna kan het ingevoerd worden na de 'Vervang' knop.

[[Bestand:Vervang-panelmember.png||Panel member vervangen]]

In dit voorbeeld is een NL panel te zien waar concept '51733-4' is verwijderd en 'Hemoglobine [massa/volume] in arterieel bloed' is vervangen door 'Hemoglobine [mol/volume] in arterieel bloed'.

[[Bestand:Lokaal-panel.png||Lokaal Panel]]
==== NL panels stap voor stap ====
# Je haalt een concept uit LOINC. Als dat een panel is, zet de applicatie alle leden op 'draft' (anders zou je met de hand alle leden van het panel zelf uit LOINC toe moeten voegen).
# Je maakt er een NL panel van.
# Concepten die je niet wilt (mol/volume etc.) zet je op 'rejected' (paarse bol). Dan verdwijnen ze uit de LCS (worden witte bol). (Uiteraard kun je ze ook in de LCS laten en alleen uit dit panel verwijderen, sla deze stap dan over.)
# De verwijderde (witte bol) concepten verwijder je uit Panel met de "Verwijder concept X" of je vervangt ze met de "Vervang" knop.
# Maak alles active (= laat collega dat doen, uiteraard).
====Bestaande NL panels bewerken====
Wanneer er concepten uit een al 'active' NL panel verwijderd of toegevoegd moeten worden:
# Zet het hele panel op 'update'.
# Verwijder of vervang concepten.
# Maak het panel weer active (= laat collega dat doen, uiteraard).

== Handleiding Applicatie ==
In de Nederlandse Labcodeset applicatie kan gezocht worden op concepten in de Labcodeset. Er zijn drie soorten gebruikers:
* guests: deze zijn niet ingelogd en kunnen alleen concepten met status 'active' en 'retired' zien (voor concepten die ooit 'active' waren zien ze de laatste 'active' versie.)
* beheerders: gebruikers die ingelogd zijn en lid van group 'lab', deze kunnen alle concepten zien en wijzigen.
* lab administrators: gebruikers met aanvullende rechten om correctieve handelingen uit te voeren. Zij zijn lid van groups 'lab' en 'lab-admin'. Zij kunnen bijvoorbeeld concepten met status 'retired' opnieuw toevoegen aan de Labcodeset.

===Zoeken===
Zoeken op concepten gebeurt door het invoeren van een zoekstring en op Enter te drukken of op 'Zoeken' te klikken. Mogelijke zoekstrings zijn:
* op naam, b.v. 'fungus' of 'schimmel'
* op LOINC code, b.v. '21003-9'
* op LOINC System, b.v. 'Saliva' of 'Speeksel'
* op LOINC class, b.v. 'PANEL.CHEM'
* alles zoeken: '*' - dit is met name zinvol in combinatie met een status, b.v. alle 'draft' concepten zoeken
* zoeken op concepten met fouten (vinkje voor uitroepteken)
* zoeken op concepten met comments (vinkje voor bubbel)

Wanneer er meer dan 100 zoekresultaten zijn, worden alleen de eerste 100 getoond. De gebruiker kan dan kiezen om de zoektermen te verfijnen voor minder resultaten, of alles te tonen.

Resultaten worden getoond als de zoekstring voorkomt in een van de volgende LOINC velden, of in een gekoppeld materiaal of methode:
* longName
* shortName
* component
* timing
* scale
* property
* system
* method
* material
* class
Ingelogde gebruikers kunnen verder selecteren op status met de vinkjes voor status naast het zoekveld. Standaard wordt alleen gezocht in de Labcodeset. Ook kan gezocht worden op concepten in LOINC door het aanvinken van 'zoeken LOINC'. In dat geval worden alle concepten uit LOINC getoond. Wanneer het concept alleen in LOINC bestaat, maar niet in de Labcodeset wordt een open bol (status 'potential') getoond. Wanneer het concept ook in de Labcodeset bestaat, wordt de status uit de Labcodeset getoond.

===Geavanceerd zoeken===
Het is mogelijk te zoeken met een query syntax. Wanneer de vink 'Zoeken LOINC' aan staat, wordt de geavanceerde syntax genegeerd.

Voorbeelden:
* Zoek naar 'hemo' maar niet in system 'urine' en alleen scale 'ordinaal':
''' hemo -sys:urine sca:ordinaal
* Zoek naar alles in system 'bloed' of 'arter' (van: 'arterieel bloed') met error 'nounit' (geen eenheid)
''' * sys:bloed sys:arter err:nounit

Gezocht kan worden op:
* pro[perty]
* tim[ing]
* sys[tem]
* sca[le]
* cla[ss]
* err[or]
Alleen de eerste drie karakters worden beoordeeld. Er worden resultaten weergegeven die beginnen met wat na de as komt, dus 'sys:art' geeft alles weer waarvan system met 'art' begint. Dit geldt niet voor errors, daar moet een [[#Errors|hele error code]] opgegeven worden b.v.: err:NOUNIT - ook bij warnings wordt zo gezocht, b.v. err:PRERELEASE). Alles wordt omgezet naar kleine letter, dus 'XXX' is hetzelfde als 'xxx'. Voor units moet de exacte UCUM notatie gegevens worden (b.v.: mmol/L).

* Negatieve zoektermen (die beginnen met '-') worden uitgesloten uit de zoekresultaten. Dus bij ''''-sys:bloed -sys:urine'''' worden noch urine, noch bloed getoond.
* Positieve zoekterm worden ingesloten, dus ''''sys:bloed sys:urine'''' laat alles zien waarvan het system 'bloed' of 'urine' is.
* '+sys:bloed +sys:urine' is equivalent aan 'sys:bloed sys:urine'.

Unit queries:
Zoeken gebeurt met unit:{ucum}. Gebruik altijd 'unit' met 4 letters. Voor units moet de exacte UCUM notatie gegevens worden (b.v.: unit:mmol/L). Bij units worden geen negatieve zoektermen ondersteund.

===Bewerken door beheerders===
Een gebruiker die lid is van groep 'lab' (dit wordt gedefinieerd in de database bij het aanmaken van de user) kan concepten toevoegen. Dit gebeurt door te zoeken in LOINC, en een concept met status 'potential' op 'draft' te zetten.

Concepten in de Labcodeset kunnen van status gewijzigd worden. Als een concept op 'draft' gewijzigd wordt naar 'rejected', wordt het verwijderd uit de Labcodeset.

Een concept kan alleen 'active' gemaakt worden door een andere user dan degene die het 'draft' dan wel 'update' heeft gemaakt. Dit is het vier-ogen-principe: concepten in de Labcodeset moeten door twee personen zijn bekeken.

==Ontwikkelaars==
Een aantal aspecten van de Nederlandse Labcodeset is bereikbaar in een machine-leesbaar formaat.

Eenheden zijn te vinden op https://labterminologie.nl/lab-data/data/units.xml

Ordinale lijsten zijn te vinden op https://labterminologie.nl/lab-data/data/ordinals.xml

De LOINC System naar SNOMED mapping is te vinden op https://labterminologie.nl/lab-data/data/loincsystem-to-snomed.xml

Een eenvoudige REST API is bereikbaar op https://labterminologie.nl/lab/api/lcs/2019-8

Het format is [base]/[id]?[params]:
* base: https://labterminologie.nl/lab/api/lcs
* loinc-id. b.v.: 2019-8
* optionele param: loinc=true

Zonder de parameter loinc=true worden alleen concepten uit de Nederlandse Labcodeset teruggegeven. Met de parameter worden ook concepten die niet in de LCS zitten, maar wel in LOINC, geretourneerd.

De Header Accept kan application/json of application/xml (default) meegeven.

<nowiki>
</nowiki>

==Onderhoud==
Zie: [[lc:Labcodeset_onderhoud|Labcodeset onderhoud]]

Hoofdpagina

2025-02-20T13:56:45Z

Feikje Hielkema:

__NUMBEREDHEADINGS__

=Inleiding=
Welkom op de Nictiz wiki voor informatiestandaarden. Je kunt hier via een directe link zijn gekomen, of via de sectie Informatiestandaarden op onze website [https://www.nictiz.nl www.nictiz.nl]. Informatiestandaarden bestaan uit een functioneel deel waarin wordt beschreven welke processen van welke partijen ondersteund worden, en een of meerdere technische delen waarin gespecificeerd wordt wat hiervoor in techniek nodig is.

=Actuele Nictiz informatiestandaarden/projecten=
{| style="width: 100%"
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon_Nictiz_Cirkel_Informatiestandaard Jeugdgezondheidszorg.svg|75px|75px|link=jgz:Landingspagina_JGZ|Landingspagina Jeugdgezondheidszorg]]
[[jgz:Landingspagina_JGZ|Jeugdgezondheidszorg]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon Nictiz Cirkel Informatiestandaard Huisartswaarneming.svg|75px|75px|link=Landingspagina_Huisartswaarneming|Huisartswaarneming]]
[[Landingspagina_Huisartswaarneming |Huisartswaarneming]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon Nictiz Cirkel Informatiestandaard Verpleegkundige Zorg.svg|75px|75px|link=Landingspagina_Verpleegkundige_Zorg|Verpleegkundige overdracht]]
[[Landingspagina_Verpleegkundige_Zorg|Verpleegkundige zorg]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon_Nictiz_Cirkel_Informatiestandaard Medicatieproces.svg|75px|75px|link=Landingspagina_Medicatieproces|Medicatieproces]]
[[Landingspagina_Medicatieproces|Medicatieproces]]
|-
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon_Nictiz_Cirkel_Informatiestandaard Laboratoria.svg|75px|75px|link=Landingspagina_Labuitwisseling|Laboratoria]]
[[Landingspagina_Labuitwisseling|Labuitwisseling]]<br/>

| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon Nictiz Cirkel Informatiestandaard Acute Zorg.svg|75px|75px|link=Landingspagina_Acute_Zorg|Acute zorg]]
[[Landingspagina_Acute_Zorg|Acute zorg]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon_Nictiz_Cirkel_Zib.svg|75px|75px|link=Landingspagina_Zib_Centrum|Zib-centrum]]
[[Landingspagina_Zib_Centrum|Zib-centrum]]<br/>
[https://zibs.nl Zorginformatiebouwstenen-wiki]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon Nictiz Cirkel Informatiestandaard Paramedische Zorg.svg|75px|75px|link=Paramedische_zorg|Paramedische zorg]]
[[Paramedische_zorg|Paramedische zorg]]
|-
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon_Nictiz_Cirkel_Informatiestandaard Geboortezorg.svg|75px|75px|link=Landingspagina_Geboortezorg|Geboortezorg]]
[[Landingspagina_Geboortezorg|Geboortezorg]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon Nictiz Cirkel Informatiestandaard Ketenzorg.svg|75px|75px|link=Landingspagina_Ketenzorg|Ketenzorg]]
[[Landingspagina_Ketenzorg|Ketenzorg]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon_Nictiz_Cirkel_Informatiestandaard MedMij.svg|75px|75px|link=MedMij:Landingspagina_MedMij|MedMij]]
[[MedMij:Landingspagina_MedMij|MedMij]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon Nictiz Cirkel Informatiestandaard BgZ.svg|75px|75px|link=Landingspagina_BgZ|BgZ]]
[[Landingspagina_BgZ|BgZ]]
|-
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon Nictiz Cirkel Informatiestandaard Dossierwijzigingsverzoek.svg|75px|75px|link=MedMij:Landingspagina_Dossierwijzigingsverzoek|Dossierwijzigingsverzoek]]
[[MedMij:Landingspagina_Dossierwijzigingsverzoek|Dossierwijzigingsverzoek]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon_Nictiz_Cirkel_Informatiestandaard_Vaccinatie.svg|75px|75px|link=imm:Landingspagina_Vaccinatie_Immunisatie|Vaccinatie-Immunisatie]]
[[Immu:V0.1_Ontwerpen|Vaccinatie-Immunisatie]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon_Nictiz_Cirkel_Eerstelijnszorg.svg|75px|75px|link=hg:Landingspagina_ELZ|Eerstelijnszorg]]
[[hg:Landingspagina_ELZ|Eerstelijnszorg]]
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon_Nictiz_Cirkel_Informatiestandaard_Beeld_en_Verslagen.svg|75px|75px|link=Landingspagina_Beeldbeschikbaarheid|Beeldbeschikbaarheid]]
[[Landingspagina_Beeldbeschikbaarheid|Beeldbeschikbaarheid]]
|-
| style="text-align: center;" | [[Bestand:Icoon Nictiz Cirkel Informatiestandaard Contra-indicaties en Overgevoeligheden (2).svg|75px|75px|link=Landingspagina Contra-indicaties en Overgevoeligheden|Contra-indicaties en Overgevoeligheden]]
[[cio:Landingspagina_Contra-indicaties_en_Overgevoeligheden|Contra-indicaties en Overgevoeligheden]]
|}

=Nictiz-projecten in incubatie=
===Individueel Zorgplan===
*[[Landingspagina_Individueel_Zorgplan|Landingspagina Individueel Zorgplan]]

=Projecten van derden op deze site=
===Bevolkingsonderzoek Darmkanker/Baarmoederhalskanker/Borstkanker===
*[[Landingspagina_Bevolkingsonderzoek_Darmkanker|Landingspagina Bevolkingsonderzoek Darmkanker]]
*[[Landingspagina_Bevolkingsonderzoek_Baarmoederhalskanker |Landingspagina Bevolkingsonderzoek Baarmoederhalskanker]]
*[[Landingspagina_Bevolkingsonderzoek_Borstkanker|Landingspagina Bevolkingsonderzoek Borstkanker]]
*[[Landingspagina_Labcodeset|Landingspagina Labcodeset]]

=Algemeen=
==[[Handleiding_Nictiz_documentatie|Handleiding Nictiz documentatie]]==
*[[Handleiding_Wiki_documentatie|Handleiding Wiki documentatie]]
*[[Handleiding_ART-DECOR_documentatie|Handleiding ART-DECOR documentatie]]
*[[Handleiding_Kardinaliteiten en conformance|Handleiding kardinaliteiten en conformance]]
==HL7 versie 3==
*[[HL7v3|Algemene uitleg HL7 versie 3]]
*[https://confluence.hl7.org/display/HNETH/Implementatiehandleiding_HL7v3_basiscomponenten_v2.3_Rev2 HL7v3 Basiscomponenten, versie 2.3 rev2] (externe link naar HL7 Nederland), met daarin onder andere:
**[https://confluence.hl7.org/display/HNETH/Datatypes+Release+1+versie+2.3 HL7 versie 3 Datatypes]
** Om historische redenen is voor de CMET's soms nog de [https://www.hl7.nl/images/downloads/Implementatiehandleiding%20HL7v3%20Basiscomponenten%20%202.3NL_secure.pdf PDF van de basiscomponentengids] nodig

==HL7 FHIR==
'''STU3'''
*[[FHIR:V1.0_FHIR_IG_STU3|FHIR STU3 Implementation Guide]]
*[[FHIR:V1.0_FHIR_Profiling_Guidelines_STU3|FHIR STU3 Profiling guidelines]]
'''R4'''
*[[FHIR:V1.0_FHIR_IG_R4|FHIR R4 Implementation Guide]]
*[[FHIR:V1.0_FHIR_Profiling_Guidelines_R4|FHIR R4 Profiling guidelines]]

==Object IDentifiers (OIDs)==
Zie de [[OID]]-pagina voor meer informatie

==OID / URI Registers==
*[https://www.nictiz.nl/standaardisatie/overzichten/oids/ Nictiz OID Register]
*[https://hl7.nl/oid-register.html HL7 NL OID Register] en [https://confluence.hl7.org/display/HNETH/OIDs_en_FHIR_System_URIs HL7 NL FHIR URI Register] voor bestaande OID's
*[https://decor.nictiz.nl/decor/services/OIDIndex ART-DECOR OID Register] (bevat tevens FHIR URI's voor zover bekend en gerelateerd aan een OID)
*[https://www.hl7.org/oid HL7.org OID Register]
*FHIR STU3: [https://hl7.org/fhir/stu3/terminologies-systems.html System URIs] en [http://hl7.org/fhir/stu3/identifier-registry.html Identifier System URIs]
*FHIR huidig: [https://hl7.org/fhir/terminologies-systems.html URIs] en [http://hl7.org/fhir/identifier-registry.html Identifier System URIs] (alle hl7.org codesysteem uri's zijn van STU3 naar R4 gewijzigd in terminology.hl7.org/CodeSystem)

lc:Labcodeset onderhoud

2025-02-20T13:52:09Z

Feikje Hielkema: Feikje Hielkema heeft pagina Labcodeset onderhoud hernoemd naar lc:Labcodeset onderhoud: Nieuwe namespace voor Labcodeset.

==Database structuur==
In de collectie data/lab_concepts zit een <lab_concept> element per rij in de LCS. Hierin zit het Engelse en Nederlandse LOINC concept zoals uit LOINC geïmporteerd. DE Nederlandse Long Common Name wordt gegenereerd, deze wordt toegevoegd bij gebruik van de functies in api-labterm.xqm.

Er zijn meer children in <lab_concept>: materials, units, outcomes en errors. Voor errors zie de gebruikershandleiding. De andere bevatten <material> of <unit> een of <valueSet> met een @ref attribuut wat wijst naar een @id in de collecties materials.xml, units.xml of ordinals.xml. Er is ook een methods child mogelijk, maar dat wordt (nog?) niet gebruikt.

Lab concepts leunen erg op de Panels. De panel structuur wordt geimporteerd uit loinc.

Naast de lab_concepts zijn er nog:
* local_panels, met de Nederlandse varianten op internationale panels
* loinc-system-to-snomed: een mapping tabel tussen System en Snomed, meestal children van Specimen (maar niet altijd)
* materials, units, ordinals, nominals met de te gebruiken bronnen. Er is maar een nominale lijst, deze is nu hard-coded aanwezig
* prerelease, hierin kunnen concepten uit de LOINC prerelease tabel opgenomen worden. De prerelease HTML tabel kan ingelezen worden met een Jupyter Notebook.
* old_data, hierin zitten data van voor een LOINC-upgrade, wordt automatisch overschreven de volgende keer
Rijen uit units en materials mogen nooit verwijderd worden, uitgegeven id's moeten uniek blijven, deze moeten status=retired krijgen als ze niet meer gebruikt worden.

==Nieuwe LOINC release==
Wanneer er een nieuwe release van LOINC geïnstalleerd is, moeten de concepten in de Labcodeset bijgewerkt worden.
Dat gebeurt door een eXist gebruiker met 'dba' rechten, door het draaien van de XQuery (in helpers) 'update-from-loinc.xquery'.

Deze zal:
* LOINC concepten vervangen door de nieuwere LOINC concepten
* Controleren of status LOINC <> ACTIVE is voor concepten die wel 'active' zijn in LCS
* Alle assen behalve Component (dus: System, Property, Timing, Scale, Method) controleren op wijzigingen tussen de LCS versie en de nieuwe LOINC versie
* Foutmelding toevoegen voor beide bovenstaande issue, en indien van toepassing de status in LCS van 'active' naar 'update' zetten.
* Alle concepten die na bovenstaande controles 'active' zijn in de LCS, controleren op nieuwe fouten (b.v. als gevolg van een gewijzigde panel inhoud). Deze worden bij fouten alsnog op 'update' gezet.

Stappen:
Vooraf:
* lock de database voor gebruikers via backend (zie lock.xml in applicatie root)
* tellen van errors (count-errors.xquery) en statussen (count-status.xquery), bewaar resultaten
* maak een "vooraf" publicatie
Uitvoeren:
* installeer laatste LOINC release (doe dit pas na de "vooraf" stap, anders worden wijzigingen in panels niet goed geregistreerd)
* draai update-from-loinc.xquery, kan een tijd duren (tel eventueel status tussendoor om voortgang te zien
* de praktijk wijst uit dat een reindex zinvol kan zijn
* draai check-active-concepts.xquery: deze zal fouten n.a.v. de LOINC release signaleren, o.a. panels die members erbij hebben, of members die niet meer 'active' zijn, deze controles kunnen pas gedraaid worden nadat alle concepten zijn bijgewerkt
Na draaien:
* tellen van errors (count-errors.xquery) en statussen (get-lab-concepts-counts.xquery)
* er zullen meestal concepten van active->update zijn gezet, meld deze aan de gebruikers (ze zijn ook te vinden met err:FOUT zoekopdrachten)
* maak een "achteraf" publicatie
* maak een delta vooraf-achteraf
* controleren en verwijderen van old-data als alles goed gegaan is
* de eventuele prerelease.xml leeg maken of vervangen door de laatste prerelease van LOINC
* controleer met err:PRERELEASE of er nog prerelease concepten in de database zitten, dat zou niet zo moeten zijn. Indien toch, overleg met gebruikers.
* meld gebruikers dat e.e.a. afgerond is, stuur (link naar) delta mee

==Bijwerken LOINC-Snomed mapping==
In de LOINC-Snomed tabel (loincsystem-to-snomed.xml) zitten de mappings tussen LOINC System en Snomed concepten. Voor één LOINC System kunnen meerdere rijen voorkomen, b.v. LOINC System "Bld/Tiss" mapt op Snomed concept "Blood (Specimen)" en "Tissue (Specimen)". Deze tabel is geïmporteerd uit de LOINC-Snomed mapping van Regenstrief. Daarnaast zitten er rijen in die niet in die mapping zitten, dat zijn de "dubbele" Systems (Bld/Tiss) en aparte gevallen (^Mother).

==Publicatie==
Voor het maken van een publicatie is het wenselijk:
* alle concepten te controleren
* de eenheden tabel te valideren op geldige ucum-eenheden (dat kan met het uploaden van een Excel op: https://ucum.nlm.nih.gov/ucum-lhc/demo.html)

Gebruikers kunnen een publicatie maken. Het publicatieproces genereert:
* lab-concepts-full-{timestamp}.xml, dit is de uitvoer van het publicatieproces.
* lab-concepts-{timestamp}.xml, een vereenvoudigde versie, gemaakt met simplify-publication.xsl, dit is de te publiceren versie. Door de 2-fasen aanpak is het eindgebruikersformaat eenvoudig aan te passen.
* lab-concepts-{timestamp}.html, een leesbare versie, gemaakt uit de full-versie met publicatie2html.xsl.

Noot: de eerste publicatie kent deze 3 varianten niet, alleen een lab-concepts-{timestamp}.xml met een 'full' versie erin.

Wanneer een <publication... attribuut @publication="true" heeft, is verwijderen via de UI niet mogelijk, en hebben alle gebruikers, ook guest, 'read' toegang. Zetten van @publication gebeurt via Oxygen.

==Diffs==
Worden gemaakt met diff-publications.xquery, nu nog vanuit de db, UI is todo. Input zijn twee timestamps zoals die in @effectiveDate in een publicatie zitten. Als invoer worden 2 full publicaties gebruikt. Uitvoer is:
* diff-{timestamp}-{timestamp}.xml
* diff-{timestamp}-{timestamp}.html
==Prerelease==
Het inlezen van prereleases van https://loinc.org/prerelease/ gebeurt met een Jupyter notebook, te vinden op: https://github.com/Nictiz/Labcodeset
Deze kan (b.v.) gedraaid worden op Colab (alternatieven zijn Azure, Binder of Jupyterlab lokaal installeren).
Volg de volgende stappen:
* ga naar https://colab.research.google.com/
* log in met Google credentials, kan gewoon een GMail account of zo zijn
* kies File -> Upload notebook...
* Kies de Github tab
* Voer "nictiz" in in zoekveld en Enter, er komt een dropdown waar Nictiz/Labcodeset gekozen kan worden
* Kies bij de notebooks die verschijnen prerelease/prerelease.ipynb
* Volg de instructies. "Run" zit bij Colab in de [>] vakjes. Alle vakjes [>] aanklikken
* Je kunt naar 'Acceptatie' testen bij de dropdown.
* Je kunt ook naar "Productie".
* De notebook overschrijft dan met de meest recente prerelease van Regenstrief. Prereleases zijn cumulatief, dus dat is in orde, alleen na een nieuwe LOINC release zet Regenstrief de prelease tabel weer op leeg.
* Let wel altijd op: even visueel de uitvoer controleren na inlzen van de Regenstrief HTML prerelease: als ze weer iets wijzigen, kan het zijn dat de code niet werkt.
==Nieuwe software release==
Bij het installeren van een nieuwe software release de volgende stappen uitvoeren:
* ticket voor de release aanmaken in LCB project in BITS
* opgeloste tickets hieraan relateren
* versienummer in build.xml ophogen
* commit naar master van ART-DECOR backend in Bitbucket
* xar maken
* xar installeren op acceptatieomgeving
* recente versie van lab-data tak van productie naar de acceptatieomgeving
* testen op acceptatieomgeving
* bij fouten die niet acceptabel zijn, terug naar ontwikkeling
* anders:
* Ilionx informeren
* lock de database voor gebruikers via backend
* xar installeren op productieomgeving
* testen zonder datawijzigingen (read only) op opgeloste tickets waar mogelijk
* releasenotes samenstellen voor gebruikers
* productieomgeving opstarten (Tomcat starten)
* gebruikers informeren

Labcodeset onderhoud

2025-02-20T13:52:09Z

Feikje Hielkema: Feikje Hielkema heeft pagina Labcodeset onderhoud hernoemd naar lc:Labcodeset onderhoud: Nieuwe namespace voor Labcodeset.

#DOORVERWIJZING [[lc:Labcodeset onderhoud]]

Toelichting op browser van Nederlandse Labcodeset

2024-12-20T09:26:17Z

Feikje Hielkema: