Brontekst bekijken van Toelichting op browser van Nederlandse Labcodeset

== Handleiding Nederlandse Labcodeset ==
===Labcodeset definities en regels===
De Nederlandse Labcodeset bevat LOINC concepten die in Nederland gebruikt worden bij berichten tussen laboratoria onderling. Informatie over de samenstelling van de Nederlandse set en de afspraken rondom coderingen (codeerconventies) van microbiologische testen zijn [[Labcodes_microbiologie|hier]] te vinden.

De Nederlandse Labcode bevat:
* Het betreffende LOINC concept (Engelse variant).
* De vertaling naar Nederlands uit LOINC, mits daar aanwezig.
* Een Nederlandse Long Common Name, als deze bestaat in LOINC of is toegevoegd in de applicatie.
* Een koppeling aan een of meer materialen uit Snomed-CT.
* Eventueel een koppeling aan een of meer methoden.
* Eventueel een koppeling aan een uitkomst.
* Eventueel een commentaar met nadere toelichting.
====Materiaal====
Bij het toevoegen van een concept uit LOINC, wordt het LOINC System vertaald naar een Snomed CT materiaal met een vertaaltabel, waarbij het materiaal automatisch toegevoegd wordt. De vertaaltabel is te vinden op: https://labterminologie.nl/art-decor/loinc-snomed-mapping. Bij System='XXX' wordt géén materiaal toegevoegd, de gebruiker dient dit zelf te doen. Een Labcode met status 'active' en een LOINC concept met System='XXX' MOET een gekoppeld materiaal hebben.

In beginsel wordt er één materiaal gekoppeld, behoudens gevallen als 'Urine + Ser/Plas'. Nader bepaald wordt hoe hier precies mee wordt omgegaan.

====Methode====
Methodes dienen geselecteerd te worden uit de SNOMED-tak 272394005 | Technique (qualifier value)|. Als daar methodes ontbreken kunnen die worden aangevraagd in het BITS-project 'SNOMED CT - beheer'.
Het zal enige tijd vergen om alle methodes die nu in de methode-tabel staan, te koppelen. Voorlopig dwingen we het bestaan van een koppeling daarom niet af; maar als er een koppeling is, dan moet die een afstammeling zijn van 272394005 | Technique (qualifier value)|.
====Uitkomst====
Uitkomsten zijn:
* Eenheid: Alléén kwantitatieve bepalingen hebben een UCUM-eenheid; maar niet alle kwantitatieve bepalingen hebben een eenheid (bv. pH-waarde is een uitzondering). De tabel die nu in Labcodeset zit is volledig; UCUM-eenheid wordt gekozen uit die tabel.  
* Ordinaal: er is al een aantal ordinale lijsten gedefinieerd.
* Nominaal: Er is één nominale lijst: die van micro-organismen. We gebruiken altijd de volledige lijst, niet een subset. Ook als LOINC een specifiek organisme noemt; want het kan best dat je bij het uitvoeren van die test toch een ander organisme ontdekt en dat wil je dan wel kunnen rapporteren. 
* Met andere mogelijkheden in LOINC zoals Narrative en Document wordt niets speciaals gedaan.

===Status van Labcode concepten===
Labcode concepten ondergaan de volgende status-cyclus. 'Potential' is een status voor LOINC concepten die nog niet in de Labcodeset zitten, en dus potentieel lid gemaakt kunnen worden.
[[Bestand:Lab-state-diagram.png|none|960px|Statusovergangen|links]]
Daarnaast hebben alle concepten een LOINC status. Voor Labcodes die 'active' zijn, MOET de LOINC status ook 'ACTIVE' zijn.
===Controles===
Bij het 'active' maken van een concept worden de volgende controles uitgevoerd.
* Is de status overgang toegestaan?
* Heeft de ingelogde gebruiker een andere dan de laatste bewerker (4-ogen principe)?
* Is de status in LOINC 'ACTIVE'?
* Is er een Nederlandse longName?
* Als het een panel is, kan het panel gevonden worden?
* Zo ja, zijn alle leden van het panel zelf lid van de Labcodeset?
Is het antwoord op een van deze vragen nee, dan is active maken niet toegestaan. Dat wordt zichtbaar gemaakt met een 'error' vlag (uitroepteken op rood bordje). De error zelf is leesbaar onder Details. De controles worden ook uitgevoerd bij andere statuswijzigingen of het aanpassen van de Nederlandse longName. Als er geen fouten zijn, verdwijnt de error vlag weer.
=== Errors ===
De volgende fouten worden gesignaleerd
{| class="wikitable"
|-
! Foutcode !! Toelichting 
|-
| MISSING || Labcodeset concept uit Labcodeset bestaat niet in LOINC
|-
| STATUS || LOINC concept heeft status 'ACTIVE' en L:abcodeset concept heeft niet status 'retired'
|-
| NOUNIT || Labcodeset concept met schaal 'kwantitatief' ('Qn') heeft geen eenheid
|-
| NOCOMP || LOINC concept heeft geen component in Nederlands
|-
| NOMATERIAL || Aan System van LOINC concept is geen materiaal toegewezen in de LOINC-Snomed mapping tabel
|-
| NOMAPPING || Er is geen LOINC-Snomed mapping voor dit Labcodeset concept
|-
| NOPANEL || LOINC concept heeft type 'Panel', maar er wordt geen panel gevonden
|-
| PANELMEMBER || LOINC concept is een panel maar sommige panel members zitten niet in de Labcodeset
|-
| PANELSTATUS || LOINC concept is een 'active' panel maar sommige panel members zijn niet 'active'
|}

=== LOINC Panels ===
LOINC Panels zijn sets van gerelateerde LOINC testen, die samen aangevraagd of uitgevoerd kunnen worden. Een voorbeeld is:
{| class="wikitable"
|-
! LOINC code !! Component !! Panel / lid
|-
| 43135-3 || 17-Ketosteroiden & 17-Ketogen steroiden panel|| Panel
|-
| 27866-3 || 17-Ketogen steroiden|| Lid
|-
| 21038-5 || 17-Ketosteroiden || Lid
|-
| 13362-9 || Verzamelduur|| Lid
|-
| 3167-4 || Monstervolume|| Lid
|}
De LOINC code 43135-3 is een Panel, die samengesteld is uit 4 testen.
==== Panel weergave ====
De Labcodeset kan geopend worden in normale weergave of Panel weergave. Bij normale weergave worden zoekresultaten getoond met het kopje 'Resultaten', in Panel weergave met de kop 'Panel'. In Panel weergave wordt een panel getoond, met alle onderdelen van dat Panel. Het Panel staat bovenaan, de Panel members zijn ingesprongen. De volgorde volgt de 'Sequence' zoals gedefinieerd in LOINC.

In normale weergave kan de status van een Panel niet gewijzigd worden. In plaats daarvan is de 'Volledige naam' een link naar een pagina in Panel weergave. Panel weergave kan ook geopend worden met een link van de vorm:
    {hostname}/art-decor/labconcepts?search=43135-3&panel=true
[[Bestand:Lab-panel-mode.PNG||Panel weergave]]

In Panel weergave kan de status van een Panel wel gewijzigd worden. Als een Panel wordt toegevoegd (status 'potential' -> 'draft') worden alle elementen eronder ook op 'draft' gezet als ze nog geen onderdeel van de Labcodeset zijn. Zijn ze dat wel, dan behouden ze de bestaande status. Een Panel kan pas 'active' gemaakt worden als alle elementen eronder ook 'active' zijn. In Panel weergave wordt altijd ook gezocht in LOINC, omdat ook elementen die bij het Panel horen, maar (nog) geen onderdeel zijn van de Labcodeset getoond moeten worden. Daarom staan de status filters ook uit. In Panel weergave worden dus alle concepten getoond.
== Handleiding Applicatie ==
In de Nederlandse Labcodeset applicatie kan gezocht worden op concepten in de Labcodeset. Er zijn twee soorten gebruikers:
* guest, deze zijn niet ingelogd en kunnen alleen concepten met status 'active' zien
* beheerders, gebruikers die ingelogd zijn en lid van group 'lab', deze kunnen alle concepten zien en wijzigen.
===Zoeken===
Zoeken op concepten gebeurt door het invoeren van een zoekstring en op Enter te drukken of op 'Zoeken' te klikken. Mogelijke zoekstrings zijn:
* op naam, b.v. 'fungus' of 'schimmel'
* op LOINC code, b.v. '21003-9'
* op LOINC System, b.v. 'Saliva' of 'Speeksel'
* op LOINC class, b.v. 'PANEL.CHEM'
* alles zoeken: '*' - dit is met name zinvol in combinatie met een status, b.v. alle 'draft' concepten zoeken

Wanneer er meer dan 100 zoekresultaten zijn, worden alleen de eerste 100 getoond. De gebruiker kan dan kiezen om de zoektermen te verfijnen voor minder resultaten, of alles te tonen.

Resultaten worden getoond als de zoekstring voorkomt in een van de volgende LOINC velden, of in een gekoppeld materiaal of methode:
* longName
* shortName
* component
* timing
* scale
* property
* system
* method
* material
* class
Ingelogde gebruikers kunnen verder selecteren op status met de vinkjes voor status naast het zoekveld. Standaard wordt alleen gezocht in de Labcocdeset. Ook kan gezocht worden op concepten in LOINC door het aanvinken van 'zoeken LOINC'. In dat geval worden alle concepten uit LOINC getoond. Wanneer het concept alleen in LOINC bestaat, maar niet in de Labcodeset wordt een open bol (status 'potential') getoond. Wanneer het concept ook in de Labcodeset bestaat, wordt de status uit de Labcodeset getoond.
===Geavanceerd zoeken===
Het is mogelijk te zoeken met een query syntax. Voorbeelden:
* Zoek naar 'hemo' maar niet in system 'urine' en alleen scale 'ordinaal':
* hemo -sys:urine sca:ordinaal
* Zoek naar alles in system 'bloed' of 'arter' (van: 'arterieel bloed') met error 'nounit' (geen eenheid)
* * sys:bloed sys:arter err:nounit
Gezocht kan worden op:
* pro[perty]
* tim[ing]
* sys[tem]
* sca[le]
* cla[ss]
* err[or]
alleen de eerste drie karakters worden beoordeeld. Er worden resultaten weergegeven die beginnen met wat na de as komt, dus 'sys:art' geeft alles weer waarvan system met 'art' begint. Dit geldt niet voor errors, daar moet een hele code opgegeven worden.

Als de zoekterm begint met '-' wordt deze uitgesloten uit de zoekresultaten. Dus bij '-sys:bloed -sys:urine' worden noch urine, noch bloed getoond. Bij positieve zoekterm worden de termen ingesloten, dus 'sys:bloed sys:urine' laat alles zien waarvan het system 'bloed' of 'urine' is. '+sys:bloed +sys:urine' is equivalent aan 'sys:bloed sys:urine'.

===Bewerken door beheerders===
Een gebruiker die lid is van groep 'lab' (dit wordt gedefinieerd in de database bij het aanmaken van de user) kan concepten toevoegen. Dit gebeurt door te zoeken in LOINC, en een concept met status 'potential' op 'draft' te zetten. 

Concepten in de Labcodeset kunnen van status gewijzigd worden. Als een concept op 'draft' gewijzigd wordt naar 'rejected', wordt het verwijderd uit de Labcodeset.

Een concept kan alleen 'active' gemaakt worden door een andere user dan degene die het 'draft' dan wel 'update' heeft gemaakt. Dit is het vier-ogen-principe: concepten in de Labcodeset moeten door twee personen zijn bekeken.
==Onderhoud==
===Nieuwe LOINC release===
Wanneer er een nieuwe release van LOINC geïnstalleerd is, moeten de concepten in de Labcodeset bijgewerkt worden.
Dat gebeurt door een eXist gebruiker met 'dba' rechten, door het draaien van de XQuery (in helpers) 'update-from-loinc.xquery'.

Deze zal:
* LOINC concepten vervangen door de nieuwere LOINC concepten
* Controleren of de longName in LOINC afwijkt van die in de LCS
* Controleren of status LOINC <> ACTIVE is voor concepten die wel active zijn in LCS
* Foutmelding toevoegen voor beide bovenstaande issues.

LET OP!
Na draaien: controleren en verwijderen van old-data als alles goed gegaan is.