Toelichting op browser van Nederlandse Labcodeset

Toelichting browser Nederlandse Labcodeset

Labcodeset definities en regels

De Nederlandse Labcodeset bevat LOINC concepten die in Nederland gebruikt worden bij berichten tussen laboratoria onderling. Toelichting omtrent het dossier gegevensuitwisseling van laboratoriumuitslagen is te vinden in de handleiding Eenheid van Taal in laboratoriumgeneeskunde.

De Nederlandse Labcode bevat:

• Het betreffende LOINC concept (Engelse variant).
• De vertaling naar Nederlands uit LOINC, mits daar aanwezig.
• Een Nederlandse Long Common Name, als deze bestaat in LOINC of is toegevoegd in de applicatie.
• Een koppeling aan een of meer materialen uit Snomed-CT.
• Eventueel een koppeling aan een of meer methoden.
• Eventueel een koppeling aan een uitkomst.
• Eventueel een commentaar met nadere toelichting.

Materiaal

Bij het toevoegen van een concept uit LOINC, wordt het LOINC System vertaald naar een Snomed CT materiaal met een vertaaltabel, waarbij het materiaal automatisch toegevoegd wordt. De vertaaltabel is te vinden op: https://labterminologie.nl/art-decor/loinc-snomed-mapping. Bij System='XXX' wordt het generieke materiaal 'Specimen' gebruikt.

In beginsel wordt er één materiaal gekoppeld, behoudens gevallen als 'Urine + Ser/Plas'. Daar worden meer Snomed materialen gekoppeld, behalve in gevallen waar Snomed een gecombineerd concept heeft (zoals "Acellular blood (serum or plasma) specimen (specimen)" voor Ser/Plas).

Methode

Methodes koppelen wordt niet meer ondersteund.

Uitkomst

Uitkomsten zijn:

• Eenheid: Alléén kwantitatieve bepalingen hebben een UCUM-eenheid; maar niet alle kwantitatieve bepalingen hebben een eenheid (bv. pH-waarde is een uitzondering). De tabel die nu in Labcodeset zit is volledig; UCUM-eenheid wordt gekozen uit die tabel.
• Ordinaal: er is al een aantal ordinale lijsten gedefinieerd.
• Ordinaal-kwantitatief: er kan een eenheid én een ordinale lijst worden gekoppeld.
• Nominaal: Er is één nominale lijst: die van micro-organismen. We gebruiken altijd de volledige lijst, niet een subset. Ook als LOINC een specifiek organisme noemt; want het kan best dat je bij het uitvoeren van die test toch een ander organisme ontdekt en dat wil je dan wel kunnen rapporteren.
• Met andere mogelijkheden in LOINC zoals Narrative en Document wordt niets speciaals gedaan.

Status van Labcode concepten

Labcode concepten ondergaan de volgende status-cyclus.

• potential: voor LOINC concepten die nog niet in de Labcodeset zitten, en dus potentieel lid gemaakt kunnen worden
• initial: initieel ingeladen concepten
• draft: concepten die lid van de Labcodeset kunnen worden
• active: concepten die lid van de Labcodeset kunnen worden
• update: concepten die lid van de Labcodeset zijn, maar aangepast moeten worden
• retired: concepten die ooit lid van de Labcodeset waren

Lab administrators kunnen concepten die per abuis 'retired' zijn gemaakt, weer op 'update' zetten. Daarnaast hebben alle concepten een LOINC status. Voor Labcodes die 'active' zijn, MOET de LOINC status ook 'ACTIVE' zijn.

Ingelogde gebruikers zien de concepten met de 'echte' status. Niet-ingelogde gebruikers zien de concepten die nu 'update' zijn maar ooit 'active' waren in de laatste versie die ooit 'active' was. Niet-ingelogde gebruikers zien ook gewone 'active' en 'retired' concepten.

Bij het 'retired' maken van concepten dient een reden opgegeven te worden in het veld 'Reden voor retired'. Indien van toepassing kunnen ook een of meer vervangende concepten aangegeven worden.

Controles

Bij het 'active' maken van een concept worden de volgende controles uitgevoerd.

• Is de status overgang toegestaan?
• Heeft de ingelogde gebruiker een andere dan de laatste bewerker (4-ogen principe)?
• Is er een ERROR of WARNING (zie hieronder)?

Is het antwoord op een van deze vragen nee, dan is active maken niet toegestaan. De controles worden ook uitgevoerd bij andere wijzigingen in het concept.

Errors

De volgende fouten worden gesignaleerd. Een concept met een ERROR kan niet 'active' gemaakt worden. Een ERROR wordt zichtbaar gemaakt met een uitroepteken op rood bordje, een WARNING is een oranje uitroepteken zonder bordje. De error zelf is leesbaar onder Details. Als er geen fouten zijn, verdwijnt de error vlag weer.

Status	Foutcode	Toelichting
ERROR	MISSING	Labcodeset concept uit Labcodeset bestaat niet in LOINC
ERROR	STATUS	LOINC concept heeft niet status 'ACTIVE' (en Labcodeset concept heeft niet status 'retired')
ERROR	NOUNIT	Labcodeset concept met schaal 'kwantitatief' ('Qn') heeft geen eenheid
WARNING	NOCOMP	LOINC concept heeft geen component in Nederlands
WARNING	PRERELEASE	LOINC concept heeft status PRERELEASE
ERROR	AXISCHANGE	Bij inlezen nieuwe LOINC release is een gewijzigde LOINC as gevonden: Deze fout wordt eenmalig gegenereerd en verdwijnt vanzelf bij een statuswijziging.
ERROR	NOMAPPING	Er is geen LOINC System naar Snomed materiaal mapping voor dit Labcodeset concept
ERROR	UNITREF	Er is een referentie naar een unit die niet meer bestaat
ERROR	VALUESETREF	Er is een referentie naar een ordinale valueset die niet meer bestaat

LOINC Panels

LOINC Panels zijn sets van gerelateerde LOINC testen, die samen aangevraagd of uitgevoerd kunnen worden. Een voorbeeld is:

LOINC code	Component	Panel / lid
43135-3	17-Ketosteroiden & 17-Ketogen steroiden panel	Panel
27866-3	17-Ketogen steroiden	Lid
21038-5	17-Ketosteroiden	Lid
13362-9	Verzamelduur	Lid
3167-4	Monstervolume	Lid

De LOINC code 43135-3 is een Panel, die samengesteld is uit 4 testen.

Voorheen werden panels en aanpassen van panels in de Nederlandse Labcodeset applicatie ondersteund. Deze functionaliteit wordt niet meer ondersteund. Panels zijn in de LCS gewone concepten als alle andere, met als enige speciale kenmerk LOINC PanelType 'Panel'.

Handleiding Applicatie

In de Nederlandse Labcodeset applicatie kan gezocht worden op concepten in de Labcodeset. Er zijn drie soorten gebruikers:

• guests: deze zijn niet ingelogd en kunnen alleen concepten met status 'active' en 'retired' zien (voor concepten die ooit 'active' waren zien ze de laatste 'active' versie.)
• beheerders: gebruikers die ingelogd zijn en lid van group 'lab', deze kunnen alle concepten zien en wijzigen.
• lab administrators: gebruikers met aanvullende rechten om correctieve handelingen uit te voeren. Zij zijn lid van groups 'lab' en 'lab-admin'. Zij kunnen bijvoorbeeld concepten met status 'retired' opnieuw toevoegen aan de Labcodeset.

Zoeken

Zoeken op concepten gebeurt door het invoeren van een zoekstring en op Enter te drukken of op 'Zoeken' te klikken. Mogelijke zoekstrings zijn:

• op naam, b.v. 'fungus' of 'schimmel'
• op LOINC code, b.v. '21003-9'
• op LOINC System, b.v. 'Saliva' of 'Speeksel'
• op LOINC class, b.v. 'PANEL.CHEM'
• alles zoeken: '*' - dit is met name zinvol in combinatie met een status, b.v. alle 'draft' concepten zoeken
• zoeken op concepten met fouten (vinkje voor uitroepteken)
• zoeken op concepten met comments (vinkje voor bubbel)

Wanneer er meer dan 100 zoekresultaten zijn, worden alleen de eerste 100 getoond. De gebruiker kan dan kiezen om de zoektermen te verfijnen voor minder resultaten, of alles te tonen.

Resultaten worden getoond als de zoekstring voorkomt in een van de volgende LOINC velden, of in een gekoppeld materiaal of methode:

• longName
• shortName
• component
• timing
• scale
• property
• system
• method
• material
• class

Ingelogde gebruikers kunnen verder selecteren op status met de vinkjes voor status naast het zoekveld. Standaard wordt alleen gezocht in de Labcodeset. Ook kan gezocht worden op concepten in LOINC door het aanvinken van 'zoeken LOINC'. In dat geval worden alle concepten uit LOINC getoond. Wanneer het concept alleen in LOINC bestaat, maar niet in de Labcodeset wordt een open bol (status 'potential') getoond. Wanneer het concept ook in de Labcodeset bestaat, wordt de status uit de Labcodeset getoond.

Filteren

Zoekresultaten kunnen gefilterd worden op:

• timing
• scale
• property
• system
• class

Ingelogde gebruikers kunnen ook filteren op laatste bewerker en toegewezen bewerker.

Geavanceerd zoeken

Het is mogelijk te zoeken met een query syntax. Wanneer de vink 'Zoeken LOINC' aan staat, wordt de geavanceerde syntax genegeerd.

Voorbeelden:

• Zoek naar 'hemo' maar niet in system 'urine' en alleen scale 'ordinaal':

hemo -sys:urine sca:ordinaal

• Zoek naar alles in system 'bloed' of 'arter' (van: 'arterieel bloed') met error 'nounit' (geen eenheid)

* sys:bloed sys:arter err:nounit

Gezocht kan worden op:

• pro[perty]
• tim[ing]
• sys[tem]
• sca[le]
• cla[ss]
• err[or]

Alleen de eerste drie karakters worden beoordeeld. Er worden resultaten weergegeven die beginnen met wat na de as komt, dus 'sys:art' geeft alles weer waarvan system met 'art' begint. Dit geldt niet voor errors, daar moet een hele error code opgegeven worden b.v.: err:NOUNIT - ook bij warnings wordt zo gezocht, b.v. err:PRERELEASE). Alles wordt omgezet naar kleine letter, dus 'XXX' is hetzelfde als 'xxx'. Voor units moet de exacte UCUM notatie gegevens worden (b.v.: mmol/L).

• Negatieve zoektermen (die beginnen met '-') worden uitgesloten uit de zoekresultaten. Dus bij '-sys:bloed -sys:urine' worden noch urine, noch bloed getoond.
• Positieve zoekterm worden ingesloten, dus 'sys:bloed sys:urine' laat alles zien waarvan het system 'bloed' of 'urine' is.
• '+sys:bloed +sys:urine' is equivalent aan 'sys:bloed sys:urine'.

Unit queries: Zoeken gebeurt met unit:{ucum}. Gebruik altijd 'unit' met 4 letters. Voor units moet de exacte UCUM notatie gegevens worden (b.v.: unit:mmol/L). Bij units worden geen negatieve zoektermen ondersteund.

Bewerken door beheerders

Een gebruiker die lid is van groep 'lab' (dit wordt gedefinieerd in de database bij het aanmaken van de user) kan concepten toevoegen. Dit gebeurt door te zoeken in LOINC, en een concept met status 'potential' op 'draft' te zetten.

Concepten in de Labcodeset kunnen van status gewijzigd worden. Als een concept op 'draft' gewijzigd wordt naar 'rejected', wordt het verwijderd uit de Labcodeset.

Een concept kan alleen 'active' gemaakt worden door een andere user dan degene die het 'draft' dan wel 'update' heeft gemaakt. Dit is het vier-ogen-principe: concepten in de Labcodeset moeten door twee personen zijn bekeken.

Beheerders kunnen concepten toewijzen aan een andere beheerder: dit om concepten die volgens het 4-ogen principe active gemaakt moeten worden, 'klaar te zetten' voor beoordeling door die andere beheerder.

Ontwikkelaars

Een aantal aspecten van de Nederlandse Labcodeset is bereikbaar in een machine-leesbaar formaat.

Eenheden zijn te vinden op https://labterminologie.nl/lab-data/data/units.xml

Ordinale lijsten zijn te vinden op https://labterminologie.nl/lab-data/data/ordinals.xml

De LOINC System naar SNOMED mapping is te vinden op https://labterminologie.nl/lab-data/data/loincsystem-to-snomed.xml

Een eenvoudige REST API is bereikbaar op https://labterminologie.nl/lab/api/lcs/2019-8

Het format is [base]/[id]?[params]:

• base: https://labterminologie.nl/lab/api/lcs
• loinc-id. b.v.: 2019-8
• optionele param: loinc=true

Zonder de parameter loinc=true worden alleen concepten uit de Nederlandse Labcodeset teruggegeven. Met de parameter worden ook concepten die niet in de LCS zitten, maar wel in LOINC, geretourneerd.

De Header Accept kan application/json of application/xml (default) meegeven.

Onderhoud

Zie: Labcodeset onderhoud